More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2097 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  94.77 
 
 
344 aa  667  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  3.00566e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  100 
 
 
344 aa  700  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  1.82424e-07  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  87.79 
 
 
344 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  84.59 
 
 
344 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  5.17848e-08  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  85.17 
 
 
344 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  3.49757e-05  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  85.17 
 
 
344 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  79.13 
 
 
345 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  2.81488e-06  decreased coverage  1.76342e-11 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  68.47 
 
 
351 aa  474  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  65.72 
 
 
350 aa  458  1e-128  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  4.84221e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  65.72 
 
 
350 aa  458  1e-128  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  63.22 
 
 
327 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  81.03 
 
 
210 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1599  outer membrane fibronectin-binding protein  40.99 
 
 
333 aa  183  4e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  1.97596e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1901  OmpA/MotB domain protein  42.76 
 
 
335 aa  182  7e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  2.8398e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  33.6 
 
 
381 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  9.77039e-05  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0379  OmpA/MotB domain-containing protein  39.84 
 
 
403 aa  177  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.08544e-07  hitchhiker  0.000354369 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  53.37 
 
 
429 aa  173  4e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  36.84 
 
 
380 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.68113e-11  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  53.37 
 
 
447 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.85785e-13  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0338  outer membrane protein  39.61 
 
 
394 aa  169  6e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  7.25554e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  35.34 
 
 
345 aa  166  7e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0372  OmpA/MotB  40.32 
 
 
392 aa  165  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.20544e-05  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  38.08 
 
 
337 aa  159  9e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  31.51 
 
 
401 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  34.77 
 
 
365 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2080  OmpA/MotB  31.33 
 
 
366 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  42.86 
 
 
337 aa  153  4e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  56 
 
 
375 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  31.82 
 
 
468 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.80584e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  32.25 
 
 
368 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2732  OmpA/MotB  42.27 
 
 
373 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.262387  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  30.26 
 
 
466 aa  146  4e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  51.68 
 
 
376 aa  145  7e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  1.02046e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  46.31 
 
 
427 aa  145  9e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4774  ompA family protein  30.91 
 
 
367 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220216  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  32.33 
 
 
417 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  7.26931e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  51.63 
 
 
377 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0958  ompA family protein  33.7 
 
 
352 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0250  OmpA/MotB  30.61 
 
 
368 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.80448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  44.87 
 
 
209 aa  141  1e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0800  OmpA/MotB domain protein  34.88 
 
 
362 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  30.32 
 
 
457 aa  139  8e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2899  OmpA/MotB domain-containing protein  46.71 
 
 
376 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  27.99 
 
 
420 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3244  OmpA/MotB domain protein  33.22 
 
 
369 aa  137  3e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0107614  hitchhiker  0.00411399 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  30.57 
 
 
466 aa  137  3e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08671e-14 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1112  OmpA/MotB domain-containing protein  33.22 
 
 
369 aa  137  3e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00190106  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  38.97 
 
 
367 aa  136  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  30.46 
 
 
359 aa  135  1e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1281  OmpA/MotB domain-containing protein  42.38 
 
 
367 aa  132  1e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000128179  normal  0.0324976 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  34.66 
 
 
372 aa  130  2e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3545  OmpA family protein  40.18 
 
 
370 aa  130  2e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1471  fibronectin-binding protein  32.69 
 
 
319 aa  129  5e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  4.79334e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1880  outer membrane protein  48.99 
 
 
375 aa  129  6e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  6.87097e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1825  fibronectin-binding protein  32.69 
 
 
319 aa  129  6e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000112417  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2966  OmpA/MotB domain-containing protein  34.3 
 
 
372 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00146812  normal  0.498764 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1802  OmpA/MotB domain-containing protein  48.99 
 
 
375 aa  129  7e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  2.52189e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1050  OmpA/MotB domain-containing protein  32.79 
 
 
366 aa  129  7e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116313  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1146  OmpA/MotB domain-containing protein  31.7 
 
 
369 aa  129  1e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  0.603197 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1651  fibronectin-binding protein  33.33 
 
 
319 aa  128  2e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  44.6 
 
 
314 aa  128  2e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3146  OmpA/MotB domain-containing protein  45.39 
 
 
373 aa  127  2e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000812337  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  31.27 
 
 
459 aa  127  2e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03195  Thrombospondin type 3 repeat:OmpA/MotB  44.81 
 
 
478 aa  127  2e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.889374  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  30.43 
 
 
459 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1045  OmpA/MotB domain-containing protein  31.37 
 
 
363 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.83072e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  31.85 
 
 
454 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.20866e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  45 
 
 
240 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2018  OmpA/MotB  33.33 
 
 
348 aa  123  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  52.88 
 
 
333 aa  122  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3730  OmpA/MotB domain protein  40.62 
 
 
440 aa  120  4e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  48.62 
 
 
333 aa  120  5e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.73223e-09 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  50 
 
 
218 aa  118  1e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  42.86 
 
 
319 aa  117  2e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  6.51702e-11  n/a   
 
 
 
NC_007204  Psyc_1602  outer membrane protein OprF  43.88 
 
 
240 aa  117  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  40.71 
 
 
428 aa  117  4e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  2.18101e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  54.29 
 
 
223 aa  116  7e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02523  OmpA family outer membrane protein  30.16 
 
 
365 aa  115  9e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.654383  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0154  OmpA/MotB domain protein  43.03 
 
 
445 aa  115  1e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.436369  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0380  OmpA/MotB  39.6 
 
 
201 aa  114  2e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1122  OmpA/MotB domain protein  41.25 
 
 
264 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0205488  hitchhiker  5.60377e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3262  OmpA/MotB  40.91 
 
 
201 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  0.468838 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  43.24 
 
 
434 aa  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4294  OmpA/MotB domain-containing protein  43.75 
 
 
239 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  52.38 
 
 
260 aa  112  7e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4295  OmpA/MotB domain-containing protein  45.7 
 
 
230 aa  112  7e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331314  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0386  outer membrane fibronectin-binding protein  29.77 
 
 
328 aa  111  1e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1995  OmpA/MotB domain-containing protein  28.07 
 
 
388 aa  111  2e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  2.05838e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  45.7 
 
 
230 aa  110  2e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1121  OmpA/MotB domain protein  45.7 
 
 
230 aa  110  2e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372182  hitchhiker  5.54839e-06 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  43.27 
 
 
432 aa  111  2e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  50 
 
 
261 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1220  OmpA/MotB  45.45 
 
 
231 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  50 
 
 
261 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  53.33 
 
 
263 aa  110  4e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4321  OmpA family protein  38.36 
 
 
201 aa  109  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1142  OmpA/MotB domain-containing protein  45.03 
 
 
230 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.679829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  51.43 
 
 
260 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  50.45 
 
 
224 aa  108  9e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.06819e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3595  OmpA/MotB domain-containing protein  36.99 
 
 
202 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>