More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1653 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  94.82 
 
 
328 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
328 aa  664    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  79.75 
 
 
328 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  80.06 
 
 
328 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  79.14 
 
 
328 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  79.75 
 
 
328 aa  530  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  83.79 
 
 
327 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  78.66 
 
 
330 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  74.23 
 
 
328 aa  502  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  74.54 
 
 
328 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  74.54 
 
 
328 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.92 
 
 
331 aa  189  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.42 
 
 
323 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.93 
 
 
319 aa  171  1e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.93 
 
 
319 aa  171  1e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  37.09 
 
 
321 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.64 
 
 
337 aa  162  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  34.82 
 
 
336 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  35.05 
 
 
336 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.15 
 
 
335 aa  152  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.87 
 
 
337 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.19 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.38 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.93 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  33.22 
 
 
325 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  32.09 
 
 
334 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
335 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.4 
 
 
304 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.31 
 
 
339 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.24 
 
 
327 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  32.86 
 
 
344 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.78 
 
 
335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  46.58 
 
 
304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 
324 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  43.02 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  38.2 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  39.65 
 
 
337 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  34.46 
 
 
335 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  39.77 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  39.2 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.65 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  39.39 
 
 
337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  39.9 
 
 
342 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  38.2 
 
 
320 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.5 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  40.2 
 
 
334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  41.27 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  41.05 
 
 
336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.85 
 
 
312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  34.38 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  35.04 
 
 
372 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  39.68 
 
 
342 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.43 
 
 
351 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  39.68 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  39.68 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  39.11 
 
 
334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  39.68 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.13 
 
 
334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.67 
 
 
366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  38.36 
 
 
349 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.6 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  39.27 
 
 
336 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.59 
 
 
338 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.21 
 
 
342 aa  125  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  36.16 
 
 
320 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.79 
 
 
318 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.76 
 
 
368 aa  123  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.11 
 
 
357 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.94 
 
 
318 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.53 
 
 
318 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.94 
 
 
318 aa  122  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.58 
 
 
321 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  36.6 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 
331 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.09 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  30.94 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  32.68 
 
 
344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  36.54 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.54 
 
 
318 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.23 
 
 
343 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.16 
 
 
358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  40.65 
 
 
340 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.56 
 
 
327 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.54 
 
 
318 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  39.06 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>