More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1539 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1539  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
626 aa  1243    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206608  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  47.6 
 
 
633 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  46.53 
 
 
619 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.88 
 
 
638 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5553  methyl-accepting chemotaxis protein  41.71 
 
 
640 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.58 
 
 
638 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.77 
 
 
638 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  41.28 
 
 
629 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  41 
 
 
640 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5092  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  41.38 
 
 
640 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
638 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0728  chemotaxis sensory transducer  42.31 
 
 
639 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.51 
 
 
638 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5159  methyl-accepting chemotaxis protein  43.24 
 
 
638 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.34 
 
 
640 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.13 
 
 
639 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.13 
 
 
639 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.93 
 
 
639 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.81 
 
 
639 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.97 
 
 
739 aa  364  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0778  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.53 
 
 
639 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39 
 
 
647 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0378  chemotaxis sensory transducer  42.88 
 
 
638 aa  353  7e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.68857  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.65 
 
 
647 aa  347  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  39.87 
 
 
647 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.27 
 
 
647 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  37.11 
 
 
642 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0444  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.4 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.414929  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  39.1 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  38.34 
 
 
642 aa  337  5e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  39.45 
 
 
647 aa  321  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  37.98 
 
 
676 aa  316  9e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  52.51 
 
 
681 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.27 
 
 
650 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.49 
 
 
634 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4192  chemotaxis sensory transducer  47.97 
 
 
654 aa  279  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.2 
 
 
285 aa  270  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.553976  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43220  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  46.51 
 
 
652 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.625872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1819  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.62 
 
 
646 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3892  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.71 
 
 
646 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.176231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.44 
 
 
632 aa  252  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2451  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.8 
 
 
655 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.932747 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1397  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.52 
 
 
646 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.2 
 
 
638 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1427  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.71 
 
 
646 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0815522  normal  0.369158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.29 
 
 
522 aa  246  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.26 
 
 
716 aa  246  9e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1672  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.74 
 
 
544 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  39.52 
 
 
541 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  35.85 
 
 
712 aa  241  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.35 
 
 
714 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  38.9 
 
 
541 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.37 
 
 
425 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.817651  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  39.83 
 
 
712 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  34.83 
 
 
713 aa  234  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3114  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.9 
 
 
541 aa  233  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.860602  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.99 
 
 
637 aa  233  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.25 
 
 
555 aa  231  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0868  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  38.92 
 
 
546 aa  230  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3279  methyl-accepting chemotaxis protein  40.32 
 
 
541 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149652  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.29 
 
 
636 aa  229  9e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.9 
 
 
570 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.92 
 
 
634 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.17 
 
 
674 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4833  chemotaxis sensory transducer  42.3 
 
 
541 aa  229  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000956827  normal  0.082646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4190  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.63 
 
 
688 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251316  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  41 
 
 
546 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2593  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.4 
 
 
540 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.591477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 
637 aa  226  7e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2634  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.96 
 
 
542 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.917034  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2907  chemotaxis sensory transducer  36.42 
 
 
541 aa  225  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.69 
 
 
541 aa  224  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  40.12 
 
 
541 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.05 
 
 
634 aa  223  6e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  41.1 
 
 
634 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3666  chemotaxis transducer  42.57 
 
 
541 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.260935  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.3 
 
 
688 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.124474  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1007  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.77 
 
 
573 aa  221  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02936  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0339  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.22 
 
 
541 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.722367  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.54 
 
 
541 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0712  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.11 
 
 
624 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.22 
 
 
541 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  decreased coverage  0.0000342214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1228  methyl-accepting chemotaxis transducer  43.02 
 
 
688 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43710  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  42 
 
 
541 aa  220  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0443  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.91 
 
 
541 aa  220  7e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3577  methyl-accepting chemotaxis protein  36.23 
 
 
542 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3770  chemotaxis sensory transducer  41.64 
 
 
715 aa  219  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.71 
 
 
541 aa  219  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3424  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.01 
 
 
674 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.560716  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1334  methyl-accepting chemotaxis protein  38.62 
 
 
550 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
541 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0921  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.43 
 
 
541 aa  217  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0340  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.71 
 
 
541 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.582352  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4890  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.29 
 
 
541 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.452969  normal  0.355365 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.11 
 
 
543 aa  217  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3441  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.43 
 
 
541 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.14 
 
 
541 aa  216  7e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.476721 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0106  methyl-accepting chemotaxis protein  37.53 
 
 
546 aa  216  8e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.827543  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1249  methyl-accepting chemotaxis protein  38.01 
 
 
596 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000483868  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1150  chemotaxis sensory transducer  38.73 
 
 
551 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>