More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1415 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  99.54 
 
 
433 aa  888  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  87.71 
 
 
423 aa  782  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  82.6 
 
 
430 aa  708  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  87.71 
 
 
423 aa  780  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  80.6 
 
 
432 aa  734  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  88.14 
 
 
414 aa  761  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  87.3 
 
 
433 aa  793  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  87.47 
 
 
423 aa  779  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  80.39 
 
 
432 aa  711  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.09745e-08  hitchhiker  3.39249e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  80.15 
 
 
432 aa  709  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  100 
 
 
433 aa  890  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  48.39 
 
 
432 aa  435  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  50.12 
 
 
428 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  48.59 
 
 
445 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.20948e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  46.96 
 
 
435 aa  386  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  45.45 
 
 
434 aa  383  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  44.94 
 
 
451 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  42.67 
 
 
451 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  45.39 
 
 
439 aa  378  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  43.78 
 
 
439 aa  372  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  44.55 
 
 
442 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  40.63 
 
 
437 aa  362  7e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  42.12 
 
 
442 aa  356  4e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.49314e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  41.78 
 
 
441 aa  355  6e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.32022e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  39.46 
 
 
450 aa  355  6e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  41.46 
 
 
442 aa  355  7e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  4.3993e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  42.34 
 
 
442 aa  355  8e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.37237e-05  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  42.34 
 
 
442 aa  355  8e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  7.51795e-08  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  42.12 
 
 
442 aa  355  9e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.86682e-08  hitchhiker  1.62747e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  41.76 
 
 
442 aa  355  9e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  42.34 
 
 
442 aa  355  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.71266e-07  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  41.8 
 
 
442 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.78843e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  41.8 
 
 
442 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.14613e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  42 
 
 
440 aa  353  3e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.66572e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  44.03 
 
 
424 aa  352  8e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  43.36 
 
 
439 aa  352  8e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  45.06 
 
 
430 aa  350  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.35238e-07  decreased coverage  5.21877e-06 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  43.12 
 
 
474 aa  350  3e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  41.63 
 
 
442 aa  350  3e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.03609e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  42.67 
 
 
442 aa  350  4e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  42.38 
 
 
442 aa  349  5e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.08344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  44.79 
 
 
415 aa  348  7e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  4.1462e-08  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  43.81 
 
 
437 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  44.14 
 
 
430 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.4107e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  44.14 
 
 
430 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.31645e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  43.81 
 
 
440 aa  348  2e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  44.14 
 
 
430 aa  347  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.87657e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  41.01 
 
 
450 aa  347  3e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.34537e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  41.22 
 
 
432 aa  345  6e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.36659e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  43.09 
 
 
419 aa  345  7e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  43.09 
 
 
419 aa  345  1e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  39.91 
 
 
442 aa  342  6e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  43.22 
 
 
431 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  43.22 
 
 
431 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  43.22 
 
 
431 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  43.22 
 
 
431 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.03788e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  44.47 
 
 
428 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  43.22 
 
 
431 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  44.24 
 
 
428 aa  342  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  40.85 
 
 
442 aa  341  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  40.04 
 
 
449 aa  338  9e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  41.47 
 
 
427 aa  338  1e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  41.53 
 
 
441 aa  337  2e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.40509e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  39.91 
 
 
442 aa  337  2e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  42.53 
 
 
430 aa  337  3e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1249  translocation protein TolB  43.22 
 
 
430 aa  336  5e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000163249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  336  5e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.73794e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.91343e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  42.99 
 
 
431 aa  336  6e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.12892e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.43248e-06  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.19845e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  1.97077e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.68933e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3087  translocation protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  5.60471e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  42.99 
 
 
430 aa  335  6e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.3315e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  43.49 
 
 
441 aa  333  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  39.58 
 
 
428 aa  332  8e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  41.31 
 
 
435 aa  329  4e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  43.9 
 
 
437 aa  328  9e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  42.66 
 
 
432 aa  326  4e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  41.11 
 
 
434 aa  326  4e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  45.34 
 
 
425 aa  324  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  43.34 
 
 
446 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  42.01 
 
 
430 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  39.53 
 
 
428 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  41.67 
 
 
429 aa  317  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  41.43 
 
 
434 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  40.75 
 
 
441 aa  316  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  40.09 
 
 
443 aa  315  7e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  39.67 
 
 
436 aa  315  1e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  40.52 
 
 
425 aa  315  1e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  42.25 
 
 
438 aa  314  2e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  40.88 
 
 
431 aa  314  2e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  42.72 
 
 
450 aa  313  5e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  41.96 
 
 
440 aa  313  6e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  40.18 
 
 
431 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  41.16 
 
 
421 aa  310  3e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  41.16 
 
 
408 aa  310  3e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  40.66 
 
 
421 aa  309  7e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  41.25 
 
 
434 aa  309  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>