More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0959 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  83.21 
 
 
262 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.9 
 
 
260 aa  353  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
251 aa  349  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
250 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 
250 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  60.4 
 
 
250 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
250 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
264 aa  242  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 
260 aa  198  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
266 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
275 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
266 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.12 
 
 
266 aa  185  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
266 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
266 aa  184  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
238 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
240 aa  182  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
249 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.73 
 
 
253 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
240 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
239 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
238 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  38.55 
 
 
239 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
239 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
256 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
238 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  37.15 
 
 
265 aa  155  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.76 
 
 
251 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
258 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
277 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
239 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  38.68 
 
 
241 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
277 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.29 
 
 
245 aa  145  9e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
241 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
241 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
259 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
265 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
258 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
257 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.01 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
251 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
260 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
282 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
264 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
243 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35 
 
 
245 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
245 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  35.65 
 
 
260 aa  112  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.25 
 
 
232 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  28.51 
 
 
232 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
240 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 
260 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 
264 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
277 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000182624  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.42 
 
 
245 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.36 
 
 
232 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
242 aa  106  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
254 aa  105  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
249 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  34.05 
 
 
261 aa  103  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
257 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
287 aa  103  3e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
260 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
264 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 
261 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 
261 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
258 aa  102  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1209  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.92 
 
 
253 aa  101  9e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
318 aa  102  9e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 
269 aa  102  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
257 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
269 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  33.67 
 
 
249 aa  100  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
267 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
247 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
244 aa  99.8  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
256 aa  99.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.77 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>