More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0901 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  100 
 
 
294 aa  608  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  91.5 
 
 
294 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  72.7 
 
 
291 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  71.04 
 
 
296 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  69.62 
 
 
297 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  70.51 
 
 
293 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  70.17 
 
 
293 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  69.83 
 
 
293 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  70.85 
 
 
292 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  68.37 
 
 
300 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  65.22 
 
 
312 aa  391  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  64.29 
 
 
303 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  61.02 
 
 
300 aa  359  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  61.02 
 
 
300 aa  359  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  60.27 
 
 
296 aa  348  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  56.16 
 
 
309 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  56.04 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  64.08 
 
 
208 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.263365 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  38.59 
 
 
288 aa  204  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  39.46 
 
 
295 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  38.26 
 
 
288 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.8 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.84 
 
 
289 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  38 
 
 
546 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  36.7 
 
 
291 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.23 
 
 
569 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.76 
 
 
284 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  37.02 
 
 
308 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  38.18 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.57 
 
 
296 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.57 
 
 
296 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.34 
 
 
292 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.98 
 
 
300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.95 
 
 
294 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  36.45 
 
 
298 aa  161  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  37.82 
 
 
289 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  32.89 
 
 
290 aa  158  9e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.16 
 
 
292 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.25 
 
 
295 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  33.88 
 
 
311 aa  156  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.72 
 
 
295 aa  156  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.96 
 
 
299 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.33 
 
 
302 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5696  calcium-binding protein  39.2 
 
 
249 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  35.89 
 
 
296 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.76 
 
 
318 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.29 
 
 
302 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.29 
 
 
302 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  34.68 
 
 
291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  37.32 
 
 
328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.77 
 
 
311 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.51 
 
 
281 aa  152  8.999999999999999e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
285 aa  151  1e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.11 
 
 
309 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.02 
 
 
312 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.95 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  35.27 
 
 
303 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.92 
 
 
302 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.11 
 
 
302 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.33 
 
 
300 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.68 
 
 
308 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  34.41 
 
 
311 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.45 
 
 
300 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.79 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  32.54 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.66 
 
 
301 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.66 
 
 
301 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.1 
 
 
574 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  30.17 
 
 
300 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.22 
 
 
309 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  35.25 
 
 
280 aa  147  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  32.2 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.33 
 
 
312 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  33.56 
 
 
300 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32.2 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  31.86 
 
 
303 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.62 
 
 
311 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.11 
 
 
302 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.42 
 
 
293 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.93 
 
 
293 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  29.05 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.21 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  30.17 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.98 
 
 
294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.43 
 
 
302 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0524  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.78 
 
 
290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0437489 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.88 
 
 
293 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0604  gluconolactonase  35.49 
 
 
288 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.148481  normal  0.0638316 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  33.88 
 
 
315 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.46 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0919  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.23 
 
 
294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.51 
 
 
292 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1013  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.99 
 
 
278 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4224  gluconolactonase  32.04 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.264466  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.64 
 
 
289 aa  133  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  34.59 
 
 
304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.32 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.62 
 
 
287 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>