25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0840 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0840  pentapeptide repeat-containing protein  100 
 
 
114 aa  236  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  4.9264e-09  decreased coverage  6.26764e-05 
 
 
 
NC_004578  PSPTO_0975  pentapeptide repeat domain protein  92.11 
 
 
114 aa  217  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  6.13608e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1000  pentapeptide repeat-containing protein  72.57 
 
 
118 aa  175  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  3.66371e-06  unclonable  5.80978e-19 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4794  pentapeptide repeat-containing protein  72.57 
 
 
114 aa  175  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.03308e-07  unclonable  2.08152e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5418  hypothetical protein  69.37 
 
 
115 aa  163  6e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0625399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62240  hypothetical protein  68.47 
 
 
115 aa  162  2e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000219088  normal  0.290118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0677  pentapeptide repeat-containing protein  55.56 
 
 
122 aa  123  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.751954  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3061  pentapeptide repeat-containing protein  44.14 
 
 
121 aa  101  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0301  pentapeptide repeat-containing protein  32.97 
 
 
263 aa  52.8  2e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1237  pentapeptide repeat-containing protein  36.26 
 
 
438 aa  50.4  9e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.234159 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3557  pentapeptide repeat protein  30.49 
 
 
175 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.951665  normal  0.239792 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2944  pentapeptide repeat-containing protein  31.08 
 
 
172 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.281269  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2951  hypothetical protein  34.18 
 
 
286 aa  43.5  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  1.37449e-05  normal  0.0109171 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  36.84 
 
 
870 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1241  pentapeptide repeat protein  35.56 
 
 
412 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0335657 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0192  pentapeptide repeat-containing protein  33.33 
 
 
181 aa  41.6  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.493873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0087  hypothetical protein  29.73 
 
 
600 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0684  pentapeptide repeat-containing protein  33.33 
 
 
215 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2086  hypothetical protein  34.57 
 
 
156 aa  41.2  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1224  hypothetical protein  32.14 
 
 
745 aa  41.2  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.605916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.03 
 
 
14916 aa  40.8  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0030  pentapeptide repeat-containing protein  24.32 
 
 
359 aa  40.4  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.108145 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0857  serine/threonine protein kinase with pentapeptide repeats  38 
 
 
563 aa  40.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0058  pentapeptide repeat-containing protein  37.74 
 
 
205 aa  40  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.108417  normal  0.321284 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0884  serine/threonine protein kinase with pentapeptide repeats  38 
 
 
563 aa  40.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.741036  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>