249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0839 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0839  deoxyribose-phosphate aldolase  100 
 
 
261 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000295758  decreased coverage  7.7294e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0973  deoxyribose-phosphate aldolase  78.99 
 
 
259 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  2.05356e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3333  deoxyribose-phosphate aldolase  44.66 
 
 
259 aa  214  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1972  deoxyribose-phosphate aldolase  40.82 
 
 
257 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0806419  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1025  deoxyribose-phosphate aldolase  39.92 
 
 
258 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0327864  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2815  deoxyribose-phosphate aldolase  39.45 
 
 
257 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00272907  unclonable  2.80431e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0541  deoxyribose-phosphate aldolase  41 
 
 
259 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.491442  normal  0.0440112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1102  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
256 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0215015  unclonable  2.04974e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2822  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
256 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0142613  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3048  deoxyribose-phosphate aldolase  38.67 
 
 
257 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000145781  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1037  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
256 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000255358  hitchhiker  3.8702e-10 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1217  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
256 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1041  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
256 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.59939e-05  hitchhiker  2.45827e-08 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1002  deoxyribose-phosphate aldolase  39.22 
 
 
257 aa  202  6e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  9.44927e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1140  deoxyribose-phosphate aldolase  39.61 
 
 
256 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121446  hitchhiker  1.07327e-10 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3230  deoxyribose-phosphate aldolase  39.61 
 
 
256 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.91533e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3366  deoxyribose-phosphate aldolase  39.61 
 
 
256 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0201919  hitchhiker  0.00182556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5896  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04223  hypothetical protein  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856476  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3227  deoxyribose-phosphate aldolase  39.61 
 
 
256 aa  200  2e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.178533  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3378  deoxyribose-phosphate aldolase  39.06 
 
 
257 aa  200  2e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.47392e-06  hitchhiker  0.00551238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4616  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04257  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.707451  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4980  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3675  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  200  2e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.635596  normal  0.0472404 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4930  deoxyribose-phosphate aldolase  42.29 
 
 
259 aa  199  4e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3549  deoxyribose-phosphate aldolase  39.06 
 
 
257 aa  199  4e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0216784  hitchhiker  4.18325e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4928  deoxyribose-phosphate aldolase  42.29 
 
 
259 aa  199  5e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3617  deoxyribose-phosphate aldolase  42.73 
 
 
259 aa  199  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0599  deoxyribose-phosphate aldolase  41.92 
 
 
259 aa  197  1e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0973  deoxyribose-phosphate aldolase  39.84 
 
 
257 aa  194  9e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.048409  hitchhiker  0.000997229 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1929  deoxyribose-phosphate aldolase  39.74 
 
 
259 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.278223  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002629  deoxyribose-phosphate aldolase  39.74 
 
 
258 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0982616  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03377  deoxyribose-phosphate aldolase  39.3 
 
 
258 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0831  deoxyribose-phosphate aldolase  44.53 
 
 
257 aa  191  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4923  deoxyribose-phosphate aldolase  40.97 
 
 
271 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188116  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4889  deoxyribose-phosphate aldolase  40.97 
 
 
271 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00126939  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4821  deoxyribose-phosphate aldolase  40.97 
 
 
271 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8309  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4975  deoxyribose-phosphate aldolase  40.97 
 
 
259 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4982  deoxyribose-phosphate aldolase  40.97 
 
 
259 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0640  deoxyribose-phosphate aldolase  44.73 
 
 
248 aa  189  3e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2862  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
257 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0660  deoxyribose-phosphate aldolase  40 
 
 
259 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3452  deoxyribose-phosphate aldolase  42.92 
 
 
259 aa  185  8e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3498  deoxyribose-phosphate aldolase  39.57 
 
 
265 aa  184  1e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0831  deoxyribose-phosphate aldolase  39.57 
 
 
265 aa  184  1e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0619  deoxyribose-phosphate aldolase  38.43 
 
 
258 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3627  deoxyribose-phosphate aldolase  39.13 
 
 
265 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2186  deoxyribose-phosphate aldolase  42.19 
 
 
241 aa  179  3e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.446123  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0140  deoxyribose-phosphate aldolase  42.19 
 
 
241 aa  179  3e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4176  deoxyribose-phosphate aldolase  42.68 
 
 
258 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4464  deoxyribose-phosphate aldolase  43.1 
 
 
258 aa  179  6e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.45684  normal  0.484684 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2811  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2666  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1068  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0130  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0264  deoxyribose-phosphate aldolase  40.15 
 
 
262 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1271  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0110  deoxyribose-phosphate aldolase  43.8 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0410  deoxyribose-phosphate aldolase  42.98 
 
 
261 aa  171  8e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3191  deoxyribose-phosphate aldolase  42.02 
 
 
257 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.208123  normal  0.448305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2965  deoxyribose-phosphate aldolase  41.18 
 
 
257 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.422208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3147  deoxyribose-phosphate aldolase  38.59 
 
 
252 aa  142  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3924  deoxyribose-phosphate aldolase  40.08 
 
 
243 aa  139  5e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.973311  normal  0.560793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0363  deoxyribose-phosphate aldolase  37.84 
 
 
313 aa  137  3e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0208  deoxyribose-phosphate aldolase  37.26 
 
 
322 aa  125  9e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0828  deoxyribose-phosphate aldolase  41.12 
 
 
336 aa  124  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0758191 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0772  deoxyribose-phosphate aldolase  34.96 
 
 
329 aa  120  2e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.259546 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0850  deoxyribose-phosphate aldolase  35.66 
 
 
307 aa  118  1e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3016  deoxyribose-phosphate aldolase  34.55 
 
 
339 aa  115  8e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0930267  normal  0.304024 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0097  deoxyribose-phosphate aldolase  33.6 
 
 
351 aa  114  1e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0777  Deoxyribose-phosphate aldolase  36.65 
 
 
322 aa  114  2e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0799  deoxyribose-phosphate aldolase  36.21 
 
 
313 aa  111  1e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3271  deoxyribose-phosphate aldolase  33.07 
 
 
328 aa  110  2e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370152  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0743  deoxyribose-phosphate aldolase  34.63 
 
 
306 aa  110  2e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1996  deoxyribose-phosphate aldolase  33.75 
 
 
289 aa  110  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.734647 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3249  deoxyribose-phosphate aldolase  35.12 
 
 
315 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3471  deoxyribose-phosphate aldolase  31.45 
 
 
324 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267268  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3739  deoxyribose phosphate aldolase  31.45 
 
 
324 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2688  deoxyribose-phosphate aldolase  33.07 
 
 
319 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3349  ribokinase  32.26 
 
 
324 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.526689 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05510  deoxyribose-phosphate aldolase  33.72 
 
 
317 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3528  deoxyribose-phosphate aldolase  33.21 
 
 
324 aa  103  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3897  deoxyribose-phosphate aldolase  34.44 
 
 
314 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7828  putative deoxyribose-phosphate aldolase (DERA)  31.87 
 
 
328 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1275  deoxyribose-phosphate aldolase  31.82 
 
 
336 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.085183 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2280  deoxyribose-phosphate aldolase  30.68 
 
 
322 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.07821 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0314  deoxyribose-phosphate aldolase  32.81 
 
 
333 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0789  deoxyribose-phosphate aldolase  31.73 
 
 
341 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2232  deoxyribose-phosphate aldolase  30.28 
 
 
327 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0991919  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5196  deoxyribose-phosphate aldolase  32.27 
 
 
336 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.583001  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4652  deoxyribose-phosphate aldolase  32.58 
 
 
357 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246771  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1399  deoxyribose-phosphate aldolase  32.27 
 
 
336 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.61762  normal  0.170843 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4390  deoxyribose-phosphate aldolase  35.22 
 
 
337 aa  99.8  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.619878  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1349  deoxyribose-phosphate aldolase  33.88 
 
 
327 aa  99.8  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.394852 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2837  deoxyribose-phosphate aldolase  31.45 
 
 
319 aa  99  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4631  deoxyribose-phosphate aldolase  31.82 
 
 
334 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698385  normal  0.34325 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1388  hypothetical protein  29.54 
 
 
254 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1608  hypothetical protein  28.69 
 
 
254 aa  93.2  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0448  deoxyribose-phosphate aldolase  31.82 
 
 
216 aa  88.6  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  7.18751e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>