More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0089 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  88.53 
 
 		 462 aa  808    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  100 
 
 		 462 aa  914    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  57.57 
 
 		 403 aa  450  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  55.81 
 
 		 419 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  55.05 
 
 		 412 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  55.67 
 
 		 419 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  55.67 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  47.42 
 
 		 404 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  47.59 
 
 		 399 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  47.59 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  32.01 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  28.81 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 313 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 616 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 		 709 aa  67  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 1390 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0673  CheA signal transduction histidine kinases  29.01 
 
 		 1989 aa  65.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.765625  normal  0.432631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 1390 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 1390 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2619  response regulator receiver:CheW-like protein:ATP-binding region, ATPase-like:Hpt  30.53 
 
 		 1956 aa  64.7  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  35.77 
 
 		 122 aa  64.3  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 441 aa  64.7  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3730  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  26.42 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 443 aa  63.9  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0549  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3481  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3157  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 579 aa  63.5  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7562  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 273 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.320599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30.37 
 
 		 231 aa  62.4  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0564  CheA signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 2012 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 		 231 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.75 
 
 		 715 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 434 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0616  CheA signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 2009 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  33.07 
 
 		 229 aa  62.4  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 434 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3324  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  62.4  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0549  chemotaxis protein CheY/response regulator receiver domain-containing protein  30.08 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1426 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  35.64 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  28.78 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  26.26 
 
 		 1347 aa  61.2  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0601  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3760  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.860481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3942  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.395841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0508  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0266508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  33.04 
 
 		 1299 aa  60.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3816  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0586034  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  30.08 
 
 		 1366 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4352  response regulator receiver protein  29.75 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3350  CheA signal transduction histidine kinases  29.06 
 
 		 1970 aa  60.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3531  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3087  response regulator receiver protein  28.19 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000156547  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0237  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 440 aa  60.1  0.00000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.36 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3115  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.36 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  30.97 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  29.27 
 
 		 1378 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3471  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 129 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455069  normal  0.215612 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 365 aa  59.7  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0659  response regulator receiver  28.46 
 
 		 265 aa  59.7  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 227 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3459  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.64 
 
 		 205 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  29.37 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.1 
 
 		 704 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0750  DNA-binding response regulator OmpR  29.37 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.41 
 
 		 472 aa  58.9  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 241 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.1 
 
 		 704 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.73 
 
 		 1499 aa  58.9  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1574  DNA-binding response regulator OmpR  29.37 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.172544  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 232 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0605  adenylate/guanylate cyclase  28.33 
 
 		 355 aa  58.9  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.657653  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.45 
 
 		 403 aa  59.3  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  25.62 
 
 		 204 aa  58.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  34.43 
 
 		 1427 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0993  DNA-binding response regulator OmpR  29.37 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 241 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  32.23 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 241 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1537  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.376192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  27.91 
 
 		 1376 aa  58.5  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 230 aa  58.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.03 
 
 		 1152 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3825  response regulator receiver domain-containing protein  30.51 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0467  response regulator receiver protein  32.98 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117091  normal  0.827791 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2250  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 225 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000295266  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 1431 aa  58.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  29.37 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>