111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0020 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
341 aa  688  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  93.26 
 
 
341 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  74.78 
 
 
345 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  74.49 
 
 
341 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  72.43 
 
 
341 aa  494  1e-138  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  72.14 
 
 
341 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  68.04 
 
 
341 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  51.08 
 
 
338 aa  331  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  46.48 
 
 
352 aa  330  3e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  44.06 
 
 
338 aa  273  4e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  41.91 
 
 
345 aa  271  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  41.21 
 
 
383 aa  254  2e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  40.41 
 
 
341 aa  241  2e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  39.09 
 
 
345 aa  240  3e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  39.09 
 
 
345 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  37.5 
 
 
389 aa  226  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  40.65 
 
 
408 aa  221  1e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  35.13 
 
 
350 aa  219  4e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  39.32 
 
 
394 aa  215  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  37.28 
 
 
349 aa  213  3e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  33.88 
 
 
374 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  35.55 
 
 
343 aa  209  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  35.54 
 
 
393 aa  209  5e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  33.05 
 
 
377 aa  206  5e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  39.39 
 
 
405 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  35.96 
 
 
426 aa  205  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  32.87 
 
 
365 aa  205  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  33.09 
 
 
403 aa  205  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  36.75 
 
 
417 aa  204  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  33.42 
 
 
378 aa  203  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  33.43 
 
 
377 aa  202  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  37.39 
 
 
387 aa  202  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  35.43 
 
 
419 aa  199  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  32.23 
 
 
374 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  33.15 
 
 
367 aa  198  1e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  37.08 
 
 
430 aa  198  1e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  32.51 
 
 
374 aa  197  2e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  38.96 
 
 
409 aa  197  2e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  32.23 
 
 
374 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  37.18 
 
 
401 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  33.82 
 
 
346 aa  196  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  32.78 
 
 
369 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.33 
 
 
376 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  32.33 
 
 
376 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  32.33 
 
 
376 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  32.33 
 
 
376 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  32.66 
 
 
349 aa  189  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  32.66 
 
 
349 aa  189  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  38.29 
 
 
388 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  33.63 
 
 
360 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  33.81 
 
 
369 aa  184  1e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 
362 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  33.79 
 
 
420 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  31.2 
 
 
368 aa  176  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  37.23 
 
 
390 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  36.92 
 
 
358 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  32.72 
 
 
366 aa  169  6e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  36.31 
 
 
395 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  35.44 
 
 
364 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  31.11 
 
 
377 aa  167  3e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  31.1 
 
 
361 aa  167  3e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  29.89 
 
 
353 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.57 
 
 
391 aa  149  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  28.74 
 
 
364 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  28.15 
 
 
364 aa  140  4e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.23 
 
 
384 aa  136  6e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  34.68 
 
 
329 aa  133  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 
384 aa  132  6e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.99 
 
 
367 aa  129  9e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  27.71 
 
 
333 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  29.09 
 
 
359 aa  114  2e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.32 
 
 
435 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  28.03 
 
 
440 aa  113  4e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  27.17 
 
 
440 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  27.17 
 
 
440 aa  109  9e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  27.83 
 
 
335 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  27.57 
 
 
331 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 
338 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.52 
 
 
335 aa  96.7  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  25.95 
 
 
339 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  25.21 
 
 
340 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  24.93 
 
 
333 aa  90.9  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  26.87 
 
 
394 aa  83.6  5e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  24.78 
 
 
429 aa  79.7  7e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
195 aa  50.1  5e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  38.1 
 
 
156 aa  49.3  9e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  36 
 
 
166 aa  47.8  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 
1051 aa  46.6  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  50 
 
 
185 aa  46.6  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  37.68 
 
 
205 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  39.13 
 
 
307 aa  45.4  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  3.33433e-07 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  37.5 
 
 
663 aa  45.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  36.76 
 
 
142 aa  44.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  44.19 
 
 
377 aa  44.7  0.003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  36 
 
 
155 aa  44.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  37.18 
 
 
163 aa  44.3  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  42.11 
 
 
158 aa  44.3  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.46101e-06  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0508  spore coat assembly protein SafA  32.91 
 
 
203 aa  43.9  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 
153 aa  43.5  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
97 aa  43.5  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>