More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0025 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>