269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1642 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1642  porin  100 
 
 
365 aa  739  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  73.26 
 
 
361 aa  505  1e-142  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  55.24 
 
 
363 aa  355  1e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  42.06 
 
 
376 aa  268  9e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  30.07 
 
 
302 aa  96.7  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.62 
 
 
316 aa  76.6  6e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.77 
 
 
316 aa  76.3  9e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  29.91 
 
 
308 aa  74.3  3e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.3 
 
 
314 aa  69.7  8e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.3 
 
 
314 aa  68.9  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.3 
 
 
314 aa  69.3  1e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.25 
 
 
314 aa  67.4  3e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  29.25 
 
 
314 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.25 
 
 
314 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  29.3 
 
 
315 aa  67.4  4e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  29.25 
 
 
313 aa  67.4  4e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  32.52 
 
 
355 aa  64.7  3e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.78 
 
 
354 aa  63.9  4e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  29.27 
 
 
354 aa  63.9  5e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  25.35 
 
 
342 aa  62  1e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  29.51 
 
 
340 aa  61.2  3e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  25.42 
 
 
351 aa  61.2  3e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  25.98 
 
 
316 aa  61.2  3e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  27.75 
 
 
388 aa  60.8  4e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  27.88 
 
 
314 aa  60.5  5e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.64 
 
 
354 aa  60.5  5e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  27.96 
 
 
354 aa  60.5  5e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  29.51 
 
 
354 aa  60.1  6e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  27.4 
 
 
356 aa  60.1  6e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  24.04 
 
 
310 aa  60.1  7e-08  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  27.14 
 
 
354 aa  59.7  8e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  24.85 
 
 
376 aa  59.7  8e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.75 
 
 
342 aa  59.3  1e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.32 
 
 
354 aa  58.9  1e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.96 
 
 
354 aa  58.2  2e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  32.03 
 
 
376 aa  58.2  2e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  28.09 
 
 
411 aa  57.4  3e-07  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  28.09 
 
 
384 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  28.09 
 
 
430 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  24.56 
 
 
376 aa  57.8  3e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  28.09 
 
 
430 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  28.09 
 
 
384 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  30.35 
 
 
352 aa  58.2  3e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  24.56 
 
 
376 aa  57.8  3e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  28.09 
 
 
384 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  28.09 
 
 
384 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  27.3 
 
 
383 aa  57.4  4e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  28.09 
 
 
383 aa  57.4  4e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  26.77 
 
 
344 aa  57.4  4e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  27.67 
 
 
348 aa  57  5e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  27.1 
 
 
389 aa  56.2  9e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  27.1 
 
 
389 aa  56.2  9e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.02 
 
 
321 aa  56.2  1e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  26.97 
 
 
317 aa  56.2  1e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  26.44 
 
 
389 aa  55.8  1e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  24.57 
 
 
386 aa  55.5  2e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  25.08 
 
 
386 aa  54.7  2e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  26.67 
 
 
386 aa  55.1  2e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  26.75 
 
 
386 aa  55.1  2e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4637  porin Gram-negative type  25.85 
 
 
397 aa  55.1  2e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  24.8 
 
 
390 aa  55.1  2e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  24.15 
 
 
353 aa  55.1  2e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  24.41 
 
 
386 aa  54.7  3e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2131  OmpC family outer membrane porin  26.29 
 
 
386 aa  54.7  3e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283812  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  24.41 
 
 
386 aa  54.7  3e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  25.8 
 
 
383 aa  54.3  3e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  29.01 
 
 
393 aa  54.3  3e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.32 
 
 
314 aa  53.9  4e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  24.57 
 
 
386 aa  54.3  4e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  24.57 
 
 
386 aa  54.3  4e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  27.72 
 
 
411 aa  53.9  5e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  24.57 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  27.76 
 
 
354 aa  53.5  6e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  27.66 
 
 
382 aa  53.5  6e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  25.49 
 
 
347 aa  53.5  6e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  27.12 
 
 
368 aa  52.4  1e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  27.45 
 
 
395 aa  52.4  1e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  26.54 
 
 
386 aa  52.4  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  25.51 
 
 
383 aa  52.8  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  28.21 
 
 
342 aa  52  1e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  24.66 
 
 
381 aa  52  2e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  25.49 
 
 
372 aa  51.6  2e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  25.71 
 
 
381 aa  52  2e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  25.63 
 
 
359 aa  51.6  2e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  27.45 
 
 
395 aa  51.2  3e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  25.6 
 
 
346 aa  51.2  3e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  23.89 
 
 
414 aa  51.2  3e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  24.09 
 
 
382 aa  51.2  3e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  27.45 
 
 
394 aa  50.8  3e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  27.45 
 
 
395 aa  50.8  3e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  29.13 
 
 
523 aa  51.2  3e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  25.71 
 
 
381 aa  50.8  3e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  24.59 
 
 
380 aa  51.2  3e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  25.26 
 
 
421 aa  50.4  4e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>