269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1642 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1642  porin  100 
 
 		 365 aa  739    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  73.26 
 
 		 361 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  55.24 
 
 		 363 aa  355  1e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  42.06 
 
 		 376 aa  268  8.999999999999999e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  30.07 
 
 		 302 aa  96.7  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.62 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.77 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  29.91 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.3 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.3 
 
 		 314 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.3 
 
 		 314 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.25 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  29.3 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  29.25 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.25 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  29.25 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  32.52 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.78 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  29.27 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  25.35 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  29.51 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  25.42 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  25.98 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  27.75 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  27.96 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  27.88 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.64 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  29.51 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  27.4 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  24.04 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  27.14 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  24.85 
 
 		 376 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.75 
 
 		 342 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.32 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.96 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  32.03 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  28.09 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  28.09 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  28.09 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  30.35 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  28.09 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  28.09 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  28.09 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  28.09 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  24.56 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  24.56 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  28.09 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  26.77 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  27.3 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  27.67 
 
 		 348 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  27.1 
 
 		 389 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  27.1 
 
 		 389 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.02 
 
 		 321 aa  56.2  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  26.44 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  26.97 
 
 		 317 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4637  porin Gram-negative type  25.85 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  26.75 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  25.08 
 
 		 386 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  24.57 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  24.15 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  26.67 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  24.8 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  24.41 
 
 		 386 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  29.01 
 
 		 393 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  25.8 
 
 		 383 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  24.41 
 
 		 386 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2131  OmpC family outer membrane porin  26.29 
 
 		 386 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  24.57 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.32 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  24.57 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  27.72 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  24.57 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  27.66 
 
 		 382 aa  53.5  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  27.76 
 
 		 354 aa  53.5  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  25.49 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  25.51 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  28.21 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  27.45 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  27.12 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  26.54 
 
 		 386 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  24.66 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  25.71 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  25.63 
 
 		 359 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  25.49 
 
 		 372 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  24.09 
 
 		 382 aa  51.2  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  29.13 
 
 		 523 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  23.89 
 
 		 414 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  27.45 
 
 		 395 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  25.71 
 
 		 381 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  25.6 
 
 		 346 aa  51.2  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  27.45 
 
 		 394 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  24.59 
 
 		 380 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  27.45 
 
 		 395 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  24.48 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>