197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1633 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  100 
 
 
239 aa  491  1e-138  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  3.60038e-15  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  91.87 
 
 
246 aa  459  1e-128  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  76.5 
 
 
274 aa  333  2e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.09903e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  54.63 
 
 
226 aa  240  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.20149e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  53.52 
 
 
224 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  56 
 
 
202 aa  238  7e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  56.86 
 
 
214 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.94372e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  56.5 
 
 
224 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  55.5 
 
 
203 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  56.44 
 
 
224 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  56.25 
 
 
221 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  56.37 
 
 
243 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.01499e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  56.44 
 
 
224 aa  235  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  53.05 
 
 
224 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  56 
 
 
225 aa  235  5e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  56.86 
 
 
214 aa  234  7e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  57.87 
 
 
224 aa  234  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  55 
 
 
258 aa  234  9e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.54544e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  55.5 
 
 
224 aa  234  1e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  55.61 
 
 
194 aa  233  2e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  55.72 
 
 
222 aa  232  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  55 
 
 
210 aa  232  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  55.5 
 
 
225 aa  232  4e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  53.95 
 
 
223 aa  232  4e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  5.91528e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  56.5 
 
 
224 aa  231  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  55.05 
 
 
210 aa  231  9e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  55.05 
 
 
210 aa  230  1e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  55.72 
 
 
223 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.25683e-09  hitchhiker  1.75262e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  55.72 
 
 
223 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.46493e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  55.72 
 
 
223 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.54481e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  54.88 
 
 
224 aa  229  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  7.38709e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  55.72 
 
 
223 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.63816e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  52.31 
 
 
221 aa  229  3e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  55.22 
 
 
222 aa  229  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.51163e-09  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  55.22 
 
 
222 aa  229  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.16461e-06  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  56.5 
 
 
215 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  56.5 
 
 
215 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  56.5 
 
 
215 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  56.5 
 
 
215 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  56.5 
 
 
215 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  53.69 
 
 
218 aa  228  8e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  55.22 
 
 
222 aa  227  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  54.73 
 
 
222 aa  227  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.00926e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  55.05 
 
 
216 aa  227  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  53.05 
 
 
221 aa  227  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  53.74 
 
 
257 aa  227  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  54.5 
 
 
226 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  54.5 
 
 
215 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.23182e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  54.5 
 
 
226 aa  226  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  55.94 
 
 
231 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  56.85 
 
 
226 aa  224  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  54.87 
 
 
211 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.8723e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  55 
 
 
215 aa  223  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  51.72 
 
 
216 aa  222  5e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  53.03 
 
 
211 aa  221  6e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  55 
 
 
226 aa  221  7e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  54 
 
 
226 aa  220  2e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  5.81969e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  51.89 
 
 
223 aa  219  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  56.28 
 
 
225 aa  219  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  51.35 
 
 
232 aa  219  4e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.96721e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  53.5 
 
 
223 aa  218  7e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  55.5 
 
 
221 aa  218  9e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  54.08 
 
 
231 aa  214  1e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  51.66 
 
 
222 aa  213  3e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  52.22 
 
 
207 aa  212  5e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  51.72 
 
 
207 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  51.01 
 
 
207 aa  208  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  52 
 
 
218 aa  208  8e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  50 
 
 
207 aa  203  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  49.76 
 
 
209 aa  203  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  54.82 
 
 
201 aa  195  4e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  54.82 
 
 
201 aa  195  4e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  4.15989e-10 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  50 
 
 
241 aa  194  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  50 
 
 
224 aa  189  3e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  47.18 
 
 
228 aa  187  9e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  29.47 
 
 
236 aa  66.6  3e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  28.72 
 
 
1440 aa  59.3  6e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  27.96 
 
 
234 aa  58.9  7e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  27.96 
 
 
234 aa  58.9  7e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  27.42 
 
 
231 aa  58.9  7e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.5 
 
 
695 aa  57.4  2e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1051  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.84 
 
 
189 aa  57  3e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.925098  hitchhiker  0.00013218 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1433 aa  56.2  4e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  6.48048e-05 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1433 aa  56.2  5e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1433 aa  55.8  5e-07  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 
1433 aa  54.7  1e-06  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.78 
 
 
234 aa  55.1  1e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 
1433 aa  54.7  1e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 
1433 aa  54.7  1e-06  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 
1433 aa  54.7  1e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 
1433 aa  54.7  1e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>