224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1471 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1471  Fis-type transcriptional activator  100 
 
 
119 aa  247  3e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.161075  unclonable  8.48327e-07 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1650  helix-turn-helix, Fis-type  89.08 
 
 
118 aa  218  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000584341 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1623  Fis family transcriptional regulator  51.49 
 
 
113 aa  97.4  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  5.54407e-10  unclonable  2.96435e-10 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0236  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0240  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0445  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4578  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.79664e-05  normal  0.144868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3556  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  5.02952e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3746  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000657586  normal  0.0919555 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03119  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.960788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3644  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.39973e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3576  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000234977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3454  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.19998e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3649  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  8.62266e-05  hitchhiker  0.00112277 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3683  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0136489  normal  0.0959098 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0452  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00171751  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3577  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000302327  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0445  transcriptional regulator, Fis family  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000448137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3700  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.277381  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0385  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56928e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3847  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0620041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1212  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92.8  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.14022e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03070  hypothetical protein  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.927386  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3689  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.833097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3746  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.36204e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4424  DNA-binding protein Fis  55.41 
 
 
98 aa  92  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.0855e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3216  factor-for-inversion stimulation protein  51.19 
 
 
99 aa  91.3  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.563932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2839  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00104382  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002193  NA-binding protein Fis  52.7 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000234513  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00175  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2685  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
98 aa  87.8  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  4.30069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  46.73 
 
 
105 aa  87.4  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  50.55 
 
 
92 aa  86.3  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0807  methyltransferase  56.76 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.792311  normal  0.964026 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0564  DNA-binding protein Fis  51.35 
 
 
98 aa  85.9  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000303285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06900  DNA-binding protein Fis  51.22 
 
 
92 aa  85.9  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4081  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.77754e-05  decreased coverage  0.00423151 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3626  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.70874e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0393  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3888  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  7.64987e-07  hitchhiker  9.33186e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3444  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.37812e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3940  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000468253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0399  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.48322e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3965  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.71172e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0398  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  84.3  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.07765e-09  normal  0.122976 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0444  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4119  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  84  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  2.16214e-05  hitchhiker  0.000721764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0504  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  84  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  7.83095e-07  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0389  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.31756e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3226  DNA-binding protein Fis  52.11 
 
 
101 aa  83.6  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  4.44169e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0453  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  82.8  1e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.15893e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0329  DNA-binding protein Fis  50.7 
 
 
101 aa  82.4  2e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.05159e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03938  Factor for inversion stimulation Fis, transcriptional activator  50 
 
 
97 aa  81.6  4e-15  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.102768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4821  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  80.9  6e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4696  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  80.9  6e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4874  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  80.9  6e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4611  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  80.5  7e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0728399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0614  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233329  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4405  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435019  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4865  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
104 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0709  DNA-binding protein Fis  52.7 
 
 
106 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64190  DNA-binding protein Fis  51.35 
 
 
107 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.575657  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5573  DNA-binding protein Fis  51.35 
 
 
92 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0269  helix-turn-helix, Fis-type  47.37 
 
 
97 aa  79  2e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2288  DNA-binding protein Fis  52.5 
 
 
99 aa  78.2  3e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0551  DNA-binding protein Fis  46.84 
 
 
95 aa  78.2  4e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000274853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1678  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  52.56 
 
 
481 aa  77.8  5e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.510429  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1049  helix-turn-helix, Fis-type  48.65 
 
 
108 aa  77.4  7e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.025247  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0440  Fis family transcriptional regulator  39.51 
 
 
87 aa  76.3  1e-13  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2247  transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
110 aa  76.6  1e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.817534  normal  0.20884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4399  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  51.25 
 
 
482 aa  76.3  1e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222867  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0858  DNA-binding protein Fis  50 
 
 
90 aa  75.5  2e-13  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0976  DNA-binding protein Fis  50 
 
 
90 aa  75.5  2e-13  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.899892  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  47.13 
 
 
484 aa  75.1  3e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2135  nitrogen regulation protein NR(I)  48.1 
 
 
483 aa  74.7  4e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.13203  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3654  DNA-binding protein Fis  48.05 
 
 
91 aa  73.9  7e-13  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.747807 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0444  DNA-binding protein Fis  53.03 
 
 
97 aa  73.9  7e-13  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.35134e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1742  DNA-binding protein fis  53.03 
 
 
103 aa  73.9  7e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  8.72165e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02996  DNA-binding protein Fis  46.75 
 
 
90 aa  73.9  8e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3129  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  52.86 
 
 
480 aa  73.6  9e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.736803  normal  0.276266 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2457  DNA-binding protein Fis  43.28 
 
 
79 aa  72.8  1e-12  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0362  Factor for inversion stimulation Fis transcriptional activator-like protein  49.3 
 
 
86 aa  72.8  1e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  52.94 
 
 
483 aa  71.2  4e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4129  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.69 
 
 
485 aa  71.6  4e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
455 aa  70.5  8e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2838  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC  47.95 
 
 
455 aa  70.5  8e-12  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0328868  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0610  helix-turn-helix, Fis-type  43.04 
 
 
95 aa  70.5  8e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  hitchhiker  1.30599e-08 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1456  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
455 aa  70.5  8e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal  0.178058 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1574  nitrogen assimilation regulator receiver protein  47.95 
 
 
454 aa  70.1  9e-12  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.281869  normal  0.0357096 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1444  transcriptional regulator, Fis family  44.12 
 
 
78 aa  70.1  1e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  63.27 
 
 
480 aa  70.1  1e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  63.27 
 
 
481 aa  70.1  1e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2001  Fis family transcriptional regulator  48.61 
 
 
98 aa  70.1  1e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0124227  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2606  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  45.35 
 
 
473 aa  69.3  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1075  nitrogen regulation protein NR(I)  50 
 
 
491 aa  69.3  2e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00433068  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1117  nitrogen regulation protein NtrC  50 
 
 
491 aa  69.3  2e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.837071  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1361  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
459 aa  68.9  2e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2238  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.75 
 
 
459 aa  68.6  3e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.510977  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2692  DNA-binding protein Fis  45.21 
 
 
77 aa  67.8  4e-11  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460347  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0485  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  46.48 
 
 
482 aa  67.8  5e-11  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0514361  normal  0.01861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>