More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1468 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  44.75 
 
 
773 aa  650  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  6.86308e-11 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  44.79 
 
 
748 aa  639  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  97.1 
 
 
827 aa  1664  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  44.39 
 
 
773 aa  655  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  2.22687e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  66.87 
 
 
881 aa  1135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  8.78907e-07  unclonable  8.79141e-10 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  44.47 
 
 
773 aa  652  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  6.05496e-12 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  45.21 
 
 
778 aa  665  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.07966e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  100 
 
 
827 aa  1707  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  2.4056e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  44.61 
 
 
774 aa  647  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  44.52 
 
 
772 aa  650  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  6.7337e-14 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  43.81 
 
 
759 aa  640  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  44.25 
 
 
773 aa  655  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  44.07 
 
 
772 aa  640  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  43.83 
 
 
775 aa  634  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  44.2 
 
 
773 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  43.87 
 
 
773 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  43.66 
 
 
780 aa  628  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  43.13 
 
 
780 aa  628  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  43.42 
 
 
774 aa  628  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  43.19 
 
 
777 aa  619  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  42.24 
 
 
776 aa  611  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  40.59 
 
 
830 aa  563  1e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  41.19 
 
 
732 aa  564  1e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  38.74 
 
 
781 aa  536  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  39.05 
 
 
768 aa  537  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  38.78 
 
 
774 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  38.78 
 
 
774 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  39.51 
 
 
790 aa  531  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  38.78 
 
 
774 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  39.97 
 
 
787 aa  527  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  38.78 
 
 
791 aa  529  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  38.34 
 
 
742 aa  528  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  38.67 
 
 
764 aa  517  1e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  39.21 
 
 
790 aa  515  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  9.07679e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  38.53 
 
 
764 aa  515  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  37.43 
 
 
766 aa  515  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  38.41 
 
 
764 aa  514  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  39.36 
 
 
790 aa  515  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  38.01 
 
 
768 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  38.96 
 
 
779 aa  515  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  38.71 
 
 
796 aa  511  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  39.78 
 
 
826 aa  506  1e-142  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  37.42 
 
 
766 aa  503  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  37.24 
 
 
769 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  38.87 
 
 
791 aa  504  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  37.7 
 
 
789 aa  499  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  7.74308e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  38.73 
 
 
777 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  39.36 
 
 
826 aa  501  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  40.19 
 
 
836 aa  498  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  37.28 
 
 
779 aa  496  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  38.9 
 
 
833 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  39.09 
 
 
827 aa  494  1e-138  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  39.29 
 
 
826 aa  494  1e-138  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  39.29 
 
 
824 aa  493  1e-138  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  39.29 
 
 
826 aa  494  1e-138  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  38.85 
 
 
814 aa  491  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  38.13 
 
 
754 aa  488  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  37.89 
 
 
813 aa  482  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  38.38 
 
 
844 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  38.43 
 
 
840 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  38.38 
 
 
844 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.67 
 
 
792 aa  473  1e-132  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  38.43 
 
 
840 aa  475  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  38.38 
 
 
844 aa  474  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  38.51 
 
 
840 aa  474  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  38.38 
 
 
844 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  38.43 
 
 
840 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  38.38 
 
 
844 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  38.43 
 
 
840 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  38.54 
 
 
841 aa  472  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  38.11 
 
 
841 aa  472  1e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  36.35 
 
 
792 aa  472  1e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  38.11 
 
 
844 aa  472  1e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  38.11 
 
 
841 aa  472  1e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  38.29 
 
 
840 aa  472  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  37.59 
 
 
730 aa  466  1e-130  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  35.57 
 
 
757 aa  448  1e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  35.58 
 
 
766 aa  416  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  30.26 
 
 
890 aa  348  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  38.98 
 
 
656 aa  335  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  36.11 
 
 
701 aa  331  3e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.99 
 
 
751 aa  330  5e-89  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  35.4 
 
 
744 aa  329  1e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  36.35 
 
 
709 aa  327  4e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  35.81 
 
 
679 aa  327  4e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  36.35 
 
 
709 aa  327  4e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  36.35 
 
 
709 aa  327  4e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1123  1A family penicillin-binding protein  38.67 
 
 
713 aa  324  4e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438177  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0832  1A family penicillin-binding protein  38.67 
 
 
713 aa  324  4e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313161  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1832  1A family penicillin-binding protein  38.67 
 
 
713 aa  324  4e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.421648  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  37.88 
 
 
742 aa  324  5e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1773  1A family penicillin-binding protein  38.31 
 
 
713 aa  322  1e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0339  1A family penicillin-binding protein  38.31 
 
 
713 aa  322  1e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  35.86 
 
 
687 aa  322  1e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0432  1A family penicillin-binding protein  38.31 
 
 
713 aa  322  1e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0214  penicillin-binding protein 1A  35.86 
 
 
707 aa  322  2e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  35.54 
 
 
642 aa  322  2e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4779  1A family penicillin-binding protein  37.43 
 
 
705 aa  321  4e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.819685 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  36.43 
 
 
643 aa  319  2e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  36.25 
 
 
654 aa  318  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>