More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1213 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1213  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
301 aa  627  1e-179  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00296174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.33 
 
 
297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.67 
 
 
296 aa  316  3e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52 
 
 
296 aa  312  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.16 
 
 
301 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.51 
 
 
308 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.33 
 
 
301 aa  309  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.67 
 
 
299 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  51.67 
 
 
299 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  51.67 
 
 
299 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.33 
 
 
299 aa  305  6e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51 
 
 
299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.85 
 
 
301 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.67 
 
 
299 aa  298  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
299 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
299 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
299 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
299 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.84 
 
 
296 aa  295  4e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1784  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.67 
 
 
300 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0214489  hitchhiker  0.00751803 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.84 
 
 
300 aa  290  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.84 
 
 
296 aa  288  8e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.17 
 
 
292 aa  288  9e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.2 
 
 
296 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.17 
 
 
299 aa  285  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48 
 
 
301 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.84 
 
 
296 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.37 
 
 
300 aa  279  5e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.52 
 
 
299 aa  271  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48 
 
 
296 aa  271  8.000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.85 
 
 
306 aa  269  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.36 
 
 
298 aa  269  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.51 
 
 
304 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
305 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  46.69 
 
 
305 aa  255  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.28 
 
 
320 aa  255  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
305 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.19 
 
 
306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
302 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.57 
 
 
312 aa  246  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1617  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.62 
 
 
285 aa  242  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199276  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.38 
 
 
298 aa  242  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.57 
 
 
297 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
298 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
300 aa  238  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.48 
 
 
302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.19 
 
 
295 aa  231  9e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
292 aa  229  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
296 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
299 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
299 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
294 aa  226  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
294 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
296 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.19 
 
 
306 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.67 
 
 
293 aa  223  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
294 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.47 
 
 
296 aa  218  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
298 aa  218  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.47 
 
 
301 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.53 
 
 
287 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
286 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
295 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
302 aa  209  5e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
302 aa  208  7e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.54 
 
 
297 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.33 
 
 
295 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.69 
 
 
308 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
295 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
299 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
299 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.08 
 
 
286 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
291 aa  202  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.72 
 
 
291 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.48 
 
 
304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.67 
 
 
297 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
461 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
301 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
298 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
283 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
301 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.75 
 
 
296 aa  191  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
314 aa  190  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
283 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>