More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1126 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  61.44 
 
 
787 aa  906    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
734 aa  1503    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  84.47 
 
 
731 aa  1251    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.92 
 
 
599 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.65 
 
 
683 aa  240  6.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.62 
 
 
594 aa  240  8e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  34.79 
 
 
611 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.08 
 
 
715 aa  238  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  34.73 
 
 
611 aa  239  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  34.73 
 
 
611 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  34.73 
 
 
611 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  34.73 
 
 
611 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.33 
 
 
708 aa  236  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.56 
 
 
604 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.9 
 
 
599 aa  234  5e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  35.62 
 
 
725 aa  234  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  34.68 
 
 
619 aa  231  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.67 
 
 
710 aa  230  7e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.76 
 
 
706 aa  230  9e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.81 
 
 
701 aa  228  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.79 
 
 
712 aa  228  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.47 
 
 
698 aa  228  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  34.86 
 
 
706 aa  226  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.53 
 
 
769 aa  226  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.52 
 
 
691 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  35.14 
 
 
739 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.73 
 
 
740 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.14 
 
 
739 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.14 
 
 
676 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  33.64 
 
 
607 aa  224  4.9999999999999996e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.05 
 
 
576 aa  224  6e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.91 
 
 
650 aa  223  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.25 
 
 
691 aa  223  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.07 
 
 
740 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.91 
 
 
646 aa  223  9e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  33.63 
 
 
621 aa  223  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.1 
 
 
702 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1615  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.33 
 
 
695 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.481167 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.72 
 
 
739 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.82 
 
 
686 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  33.04 
 
 
618 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.32 
 
 
691 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  33.53 
 
 
674 aa  222  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.15 
 
 
691 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.91 
 
 
601 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.92 
 
 
739 aa  221  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  31.33 
 
 
720 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  30.99 
 
 
608 aa  220  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  30.65 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.77 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  30.77 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  30.77 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  30.65 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  30.77 
 
 
608 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  30.6 
 
 
608 aa  219  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  30.64 
 
 
608 aa  219  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.85 
 
 
679 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.92 
 
 
697 aa  218  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.72 
 
 
595 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.21 
 
 
603 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.04 
 
 
703 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  31.44 
 
 
721 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.44 
 
 
697 aa  211  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.19 
 
 
767 aa  211  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.97 
 
 
737 aa  210  9e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.42 
 
 
687 aa  209  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  33.72 
 
 
616 aa  209  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  35.81 
 
 
631 aa  207  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.65 
 
 
579 aa  207  7e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.72 
 
 
655 aa  207  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.87 
 
 
588 aa  206  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.05 
 
 
581 aa  206  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.23 
 
 
680 aa  204  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.38 
 
 
609 aa  204  6e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.36 
 
 
750 aa  203  8e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.83 
 
 
662 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.63 
 
 
588 aa  201  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.05 
 
 
735 aa  200  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.62 
 
 
664 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.76 
 
 
682 aa  198  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  31.52 
 
 
652 aa  197  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  31.45 
 
 
683 aa  196  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.18 
 
 
639 aa  196  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.66 
 
 
586 aa  194  6e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  32.26 
 
 
749 aa  191  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.72 
 
 
555 aa  191  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.52 
 
 
616 aa  188  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.23 
 
 
580 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.23 
 
 
580 aa  188  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.23 
 
 
580 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  33.13 
 
 
575 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.14 
 
 
551 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.31 
 
 
641 aa  186  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.76 
 
 
703 aa  182  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  31.69 
 
 
741 aa  181  5.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0928  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.14 
 
 
674 aa  180  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  29.64 
 
 
762 aa  179  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.22 
 
 
601 aa  177  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.91 
 
 
681 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  31.53 
 
 
742 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>