More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0069 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1695  translation initiation factor IF-2  60.85 
 
 
869 aa  746  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  60.13 
 
 
882 aa  763  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  48.31 
 
 
880 aa  790  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3348  translation initiation factor IF-2  59.1 
 
 
848 aa  774  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0346308  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  53.17 
 
 
943 aa  702  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  54.4 
 
 
992 aa  702  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2561  translation initiation factor IF-2  53.21 
 
 
943 aa  687  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334789  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2749  translation initiation factor IF-2  52.2 
 
 
990 aa  677  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.867679  normal  0.130193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  57.67 
 
 
890 aa  686  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3476  translation initiation factor IF-2  61.47 
 
 
892 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  55.81 
 
 
892 aa  743  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.60504e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3581  translation initiation factor IF-2  61.47 
 
 
892 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.544549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3544  translation initiation factor IF-2  61.47 
 
 
892 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1921  translation initiation factor IF-2  56.59 
 
 
948 aa  702  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0602032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2815  translation initiation factor IF-2  56.51 
 
 
883 aa  691  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3475  translation initiation factor IF-2  61.47 
 
 
892 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3643  translation initiation factor IF-2  61.47 
 
 
892 aa  726  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102541  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0555  translation initiation factor IF-2  55.01 
 
 
875 aa  689  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.218131  normal  0.382755 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0391  translation initiation factor IF-2  55.01 
 
 
875 aa  689  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  56.79 
 
 
885 aa  759  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  4.1871e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  56.79 
 
 
885 aa  759  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1948  translation initiation factor IF-2  58.35 
 
 
883 aa  722  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0536071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  55.27 
 
 
881 aa  750  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  56.45 
 
 
971 aa  728  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62760  translation initiation factor IF-2  61.01 
 
 
840 aa  723  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0503522  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1128  translation initiation factor IF-2  56.96 
 
 
880 aa  764  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.247429  unclonable  1.85319e-11 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  58 
 
 
968 aa  728  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3993  translation initiation factor IF-2  50.54 
 
 
884 aa  790  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116527  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4489  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  58.45 
 
 
971 aa  725  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  56.94 
 
 
889 aa  762  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  9.67139e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  48.64 
 
 
891 aa  788  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  56.96 
 
 
880 aa  764  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  60.81 
 
 
885 aa  764  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  57.14 
 
 
920 aa  705  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  59.1 
 
 
894 aa  745  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.80014e-06 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0563  translation initiation factor IF-2  59.67 
 
 
816 aa  707  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.852622  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  48.56 
 
 
894 aa  784  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  60.8 
 
 
890 aa  723  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  59.42 
 
 
896 aa  746  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  58.94 
 
 
895 aa  752  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  60 
 
 
896 aa  736  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  4.98988e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3730  translation initiation factor IF-2  55.81 
 
 
892 aa  743  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  56.96 
 
 
880 aa  764  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2990  translation initiation factor IF-2  53.81 
 
 
953 aa  695  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292743  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  56.29 
 
 
969 aa  724  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  58.45 
 
 
971 aa  725  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0203  translation initiation factor IF-2  54.91 
 
 
892 aa  690  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.665385  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1701  translation initiation factor IF-2  56.93 
 
 
991 aa  701  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00192656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  49.95 
 
 
898 aa  773  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  57.1 
 
 
880 aa  766  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01303  translation initiation factor IF-2  55.25 
 
 
904 aa  701  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.273892  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1117  translation initiation factor IF-2  57.02 
 
 
964 aa  728  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.988321  normal  0.615167 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  60.4 
 
 
898 aa  737  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3603  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1729  translation initiation factor IF-2  58.25 
 
 
965 aa  721  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381605  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  81.74 
 
 
905 aa  1475  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0179  translation initiation factor IF-2  54.91 
 
 
892 aa  692  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.61877  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  48.05 
 
 
854 aa  795  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5462  translation initiation factor IF-2  61.01 
 
 
837 aa  724  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  56.45 
 
 
972 aa  726  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0279549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  56.96 
 
 
880 aa  764  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1093  translation initiation factor IF-2  55.8 
 
 
917 aa  690  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1600  translation initiation factor IF-2  58.83 
 
 
803 aa  708  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0215539  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  58.45 
 
 
971 aa  725  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  57.43 
 
 
889 aa  743  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1123  translation initiation factor IF-2  57.03 
 
 
818 aa  696  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0779  translation initiation factor IF-2  61.95 
 
 
837 aa  731  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.79376e-08  normal  0.0113763 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  52.67 
 
 
845 aa  733  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1315  translation initiation factor IF-2  61.32 
 
 
868 aa  718  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002609  translation initiation factor 2  58.64 
 
 
902 aa  736  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3465  translation initiation factor IF-2  55.18 
 
 
905 aa  743  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  51.36 
 
 
904 aa  730  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  55.4 
 
 
922 aa  717  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4712  translation initiation factor IF-2  61.85 
 
 
846 aa  746  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333126  normal  0.0123461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0808  translation initiation factor IF-2  49.41 
 
 
900 aa  767  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.925902  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  54.95 
 
 
876 aa  712  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1467  translation initiation factor IF-2  57.59 
 
 
897 aa  749  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.382295  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1210  translation initiation factor IF-2  57.02 
 
 
964 aa  727  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3346  translation initiation factor IF-2  50.05 
 
 
901 aa  783  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.12411  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  49.31 
 
 
831 aa  723  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  55.95 
 
 
964 aa  717  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2748  translation initiation factor IF-2  56.59 
 
 
984 aa  705  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02986  hypothetical protein  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1247  translation initiation factor IF-2  53.21 
 
 
943 aa  687  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0182707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  58.45 
 
 
972 aa  723  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  55.66 
 
 
978 aa  686  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2028  translation initiation factor IF-2  58.05 
 
 
966 aa  713  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0631  translation initiation factor IF2-2  44.66 
 
 
880 aa  712  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0725  translation initiation factor IF-2  58.06 
 
 
912 aa  751  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0457048  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  57.41 
 
 
868 aa  731  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  53.23 
 
 
835 aa  636  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  60.97 
 
 
890 aa  725  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  56.79 
 
 
885 aa  760  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4490  translation initiation factor IF-2  61.11 
 
 
841 aa  726  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0593821  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01760  translation initiation factor IF-2  61.15 
 
 
868 aa  741  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.35104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>