More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0050 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0050  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  647  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.142799  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  99.04 
 
 
311 aa  642  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  62.46 
 
 
311 aa  431  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  63.43 
 
 
317 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 
312 aa  405  1e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 
312 aa  405  1e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 
312 aa  405  1e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 
312 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
311 aa  308  7e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
309 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
304 aa  201  9e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
310 aa  193  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
298 aa  190  3e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
289 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
291 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
295 aa  186  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
306 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
306 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
293 aa  184  1e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
293 aa  184  2e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
306 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
292 aa  182  4e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.57 
 
 
289 aa  182  5e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.32431e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
292 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.23 
 
 
297 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
292 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
292 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
306 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
301 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
293 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
292 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
306 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
305 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
306 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
302 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
292 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 
298 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.33 
 
 
290 aa  175  9e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.82 
 
 
289 aa  175  9e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
322 aa  174  1e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
288 aa  174  1e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 
302 aa  174  1e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.09 
 
 
307 aa  174  1e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 
309 aa  175  1e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.17 
 
 
289 aa  174  2e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  32.98 
 
 
290 aa  174  2e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
288 aa  174  2e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
298 aa  174  2e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  173  3e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
289 aa  173  3e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.88 
 
 
309 aa  173  4e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
302 aa  173  4e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.96 
 
 
305 aa  172  4e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 
298 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
289 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
301 aa  172  6e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
301 aa  172  7e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  172  7e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
303 aa  172  7e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
294 aa  172  7e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
301 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.64 
 
 
298 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6158e-05 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
294 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
315 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
294 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
298 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
307 aa  170  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
298 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
302 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
304 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.52 
 
 
289 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
302 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 
298 aa  169  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 
301 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 
299 aa  169  7e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
294 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
313 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
302 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
305 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
305 aa  166  3e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
305 aa  166  3e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
322 aa  166  3e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 
299 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
305 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
294 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
294 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.11 
 
 
302 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
298 aa  166  6e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
294 aa  166  6e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
313 aa  165  7e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>