More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_2376 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  100 
 
 
262 aa  543  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  50.41 
 
 
214 aa  229  4e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  51.84 
 
 
214 aa  228  8e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  35.04 
 
 
185 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36.33 
 
 
190 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.05 
 
 
185 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  32.05 
 
 
185 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  0.0000000000000733254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.62 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  0.00000510467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.62 
 
 
185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  33.33 
 
 
185 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  33.62 
 
 
185 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  33.62 
 
 
185 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  32.91 
 
 
185 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  32.05 
 
 
185 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000304623  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  35.22 
 
 
196 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  32.05 
 
 
185 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  35.19 
 
 
191 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.92 
 
 
191 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  32.93 
 
 
197 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  32.61 
 
 
187 aa  119  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  31 
 
 
201 aa  118  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  31.15 
 
 
190 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  31.15 
 
 
190 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  31.15 
 
 
190 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  31.15 
 
 
190 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  31.15 
 
 
190 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  31.65 
 
 
185 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.69 
 
 
190 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  32.03 
 
 
186 aa  115  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  32.93 
 
 
209 aa  115  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  33.48 
 
 
187 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  32.52 
 
 
209 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  30.25 
 
 
185 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  29.69 
 
 
180 aa  112  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  32.07 
 
 
185 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.9 
 
 
186 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  30.4 
 
 
186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  30.4 
 
 
186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
205 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  30.34 
 
 
190 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  30.34 
 
 
190 aa  109  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  30.34 
 
 
190 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  30.4 
 
 
185 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
190 aa  109  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  30.34 
 
 
190 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  31.33 
 
 
190 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.69 
 
 
189 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.41 
 
 
186 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  32.49 
 
 
190 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.41 
 
 
186 aa  107  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.57 
 
 
189 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.09 
 
 
185 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  31.78 
 
 
188 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  29.57 
 
 
190 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.78 
 
 
189 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  29.57 
 
 
190 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000135377  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  29.57 
 
 
190 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000521724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.41 
 
 
185 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  30.57 
 
 
189 aa  99.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  30.17 
 
 
185 aa  99.4  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000809913  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  27.31 
 
 
183 aa  99  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  26.75 
 
 
188 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  31.09 
 
 
188 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  28.81 
 
 
185 aa  97.8  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  29.96 
 
 
188 aa  95.9  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  27.62 
 
 
192 aa  91.3  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  32.07 
 
 
187 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.85 
 
 
185 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.27 
 
 
188 aa  85.9  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.27 
 
 
188 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.27 
 
 
188 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.27 
 
 
188 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  28.69 
 
 
188 aa  85.5  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  28.69 
 
 
188 aa  85.5  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  28.69 
 
 
188 aa  85.5  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.27 
 
 
188 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.54 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.85 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  29.74 
 
 
200 aa  80.5  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  27.07 
 
 
198 aa  80.9  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  26.36 
 
 
190 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  27.12 
 
 
191 aa  75.1  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0759  putative Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.71 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1963  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  24.34 
 
 
324 aa  68.6  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0855  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.03 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0416487 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.71 
 
 
362 aa  65.5  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  36.84 
 
 
342 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.67 
 
 
354 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.73 
 
 
358 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  24.08 
 
 
325 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  38.96 
 
 
211 aa  63.9  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  25.27 
 
 
349 aa  62.8  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.67 
 
 
317 aa  62.4  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.06 
 
 
348 aa  62.4  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
349 aa  62.4  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  25.88 
 
 
330 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>