More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0887 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0887  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
586 aa  1184    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000421492  hitchhiker  0.0000263613 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1759  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.98 
 
 
600 aa  615  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000901075  normal  0.0327712 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1577  outer membrane efflux protein, OprM  55.28 
 
 
606 aa  611  1e-173  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000543553  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  37.84 
 
 
474 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.24 
 
 
470 aa  337  5e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.01 
 
 
474 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.77 
 
 
474 aa  327  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.88 
 
 
517 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  38.25 
 
 
512 aa  321  3e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.95 
 
 
477 aa  318  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.95 
 
 
481 aa  318  2e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  40.61 
 
 
491 aa  316  7e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.38 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.31 
 
 
472 aa  312  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.94 
 
 
492 aa  309  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.87 
 
 
467 aa  309  9e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.87 
 
 
482 aa  306  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.94 
 
 
475 aa  305  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  37.53 
 
 
485 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.16 
 
 
477 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  37.53 
 
 
485 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  40.81 
 
 
486 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.33 
 
 
486 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.81 
 
 
485 aa  300  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  39.41 
 
 
487 aa  300  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  39.86 
 
 
469 aa  300  5e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.17 
 
 
471 aa  300  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2327  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.33 
 
 
528 aa  299  8e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.356993  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2838  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.89 
 
 
528 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.207275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.26 
 
 
486 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38 
 
 
499 aa  297  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.59 
 
 
489 aa  297  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.38 
 
 
495 aa  296  7e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.74 
 
 
508 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.67 
 
 
489 aa  296  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.91 
 
 
507 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.91 
 
 
507 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.23 
 
 
474 aa  295  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.97 
 
 
469 aa  295  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  37.58 
 
 
499 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.7 
 
 
507 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.28 
 
 
470 aa  293  9e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.86 
 
 
476 aa  291  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  40.05 
 
 
492 aa  291  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.28 
 
 
500 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.41 
 
 
499 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.76 
 
 
516 aa  290  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.62 
 
 
525 aa  289  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.49 
 
 
507 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.56 
 
 
501 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3466  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.26 
 
 
461 aa  289  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
484 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.07 
 
 
505 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39 
 
 
508 aa  287  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.76 
 
 
515 aa  287  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39 
 
 
508 aa  287  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.08 
 
 
507 aa  287  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.56 
 
 
479 aa  286  5e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
503 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.21 
 
 
497 aa  286  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.49 
 
 
472 aa  286  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.58 
 
 
543 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.58 
 
 
519 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.68 
 
 
507 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4833  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.43 
 
 
474 aa  284  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.820871  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
507 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2110  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.53 
 
 
520 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277325  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.79 
 
 
484 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  36.27 
 
 
469 aa  283  6.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
484 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.96 
 
 
471 aa  283  7.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.97 
 
 
496 aa  283  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
484 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.89 
 
 
546 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0101  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.44 
 
 
472 aa  281  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.23 
 
 
478 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  35.73 
 
 
460 aa  280  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.69 
 
 
510 aa  280  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.59 
 
 
483 aa  279  8e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.21 
 
 
514 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.21 
 
 
514 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.17 
 
 
471 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.21 
 
 
512 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  38.21 
 
 
553 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  38.21 
 
 
512 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  38.21 
 
 
512 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2254  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.33 
 
 
487 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  36.5 
 
 
457 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.21 
 
 
514 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  36.5 
 
 
457 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  35.52 
 
 
460 aa  277  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.21 
 
 
514 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2864  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.71 
 
 
468 aa  277  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0383351  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.41 
 
 
551 aa  277  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  38.41 
 
 
512 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  38.41 
 
 
514 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
480 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  38.41 
 
 
514 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  38.41 
 
 
514 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3057  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.52 
 
 
457 aa  276  8e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>