271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0444 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
59 aa  122  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.47564e-07  hitchhiker  9.3478e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  86.44 
 
 
59 aa  108  4e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  86.44 
 
 
59 aa  105  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  73.21 
 
 
61 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  2.00607e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.14653e-05  hitchhiker  9.35583e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17278e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.26837e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  73.68 
 
 
59 aa  86.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  73.68 
 
 
59 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  73.68 
 
 
59 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  71.43 
 
 
60 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
60 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
59 aa  86.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.64159e-09  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  70.18 
 
 
60 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
60 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
59 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
59 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  70.18 
 
 
61 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
59 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
60 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 
62 aa  84.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  66.67 
 
 
59 aa  84  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  68.42 
 
 
61 aa  84.3  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  68.42 
 
 
59 aa  83.6  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  83.2  1e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  83.2  1e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  67.24 
 
 
58 aa  81.6  3e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  67.24 
 
 
58 aa  81.6  3e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  67.24 
 
 
58 aa  81.3  4e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
58 aa  80.1  9e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.22641e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0472  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
58 aa  80.1  9e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291193  hitchhiker  2.69713e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
58 aa  80.1  9e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  63.16 
 
 
58 aa  79  2e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
62 aa  79  2e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  65.45 
 
 
61 aa  79  2e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0338  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
59 aa  78.6  3e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00211446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4731  50S ribosomal protein L30  63.16 
 
 
58 aa  77.8  4e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000152085  normal  0.600234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3891  50S ribosomal protein L30  67.27 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  2.9695e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5061  50S ribosomal protein L30  63.16 
 
 
58 aa  77.4  7e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  9.319e-08  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09030  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
58 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0258453  normal  0.264293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0855  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
58 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.342105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
62 aa  75.9  2e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0476  50S ribosomal protein L30P  56.9 
 
 
62 aa  74.7  4e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  61.4 
 
 
58 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
58 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  58.62 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2354  ribosomal protein L30  55.17 
 
 
61 aa  72.4  2e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230884  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  55.17 
 
 
65 aa  70.9  6e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2306  50S ribosomal protein L30  56.9 
 
 
62 aa  70.9  7e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  53.7 
 
 
65 aa  70.5  8e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  8.59668e-12  hitchhiker  2.07421e-06 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0341  ribosomal protein L30  55.36 
 
 
63 aa  69.7  1e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  2.60811e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  55.17 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  53.57 
 
 
61 aa  67  9e-11  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  63.9  6e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  63.5  1e-09  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2151  ribosomal protein L30  50 
 
 
59 aa  62.4  2e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0556857  normal  0.316331 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0840  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  62.4  2e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  62.4  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0423  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
61 aa  62.4  2e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.60192  normal  0.209018 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  53.7 
 
 
61 aa  61.6  3e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21281e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2696  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
57 aa  62  3e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2381  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
57 aa  62  3e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0202  ribosomal protein L30  72.97 
 
 
37 aa  61.2  4e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.96208e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 
63 aa  61.2  5e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.6194e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 
63 aa  61.2  5e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.87608e-06  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
63 aa  60.1  9e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.5  9e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
61 aa  59.7  1e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1633  ribosomal protein L30  49.12 
 
 
61 aa  59.7  1e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0785  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
62 aa  59.7  1e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000912341  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  60.1  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>