More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0159 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 344 aa  697    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  62.97 
 
 		 359 aa  421  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  57.92 
 
 		 380 aa  404  1e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 338 aa  258  8e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  50.57 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  49.82 
 
 		 314 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  51.74 
 
 		 310 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  51.74 
 
 		 310 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  47.97 
 
 		 347 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  49.06 
 
 		 302 aa  249  7e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 		 310 aa  249  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  48.54 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  49.45 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  51.74 
 
 		 310 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  47.86 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  49.25 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  50.58 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  49.25 
 
 		 309 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 		 321 aa  245  8e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  47.29 
 
 		 321 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  47.29 
 
 		 321 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  49.24 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  49.03 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  49.24 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  49.24 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  49.24 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  48.73 
 
 		 333 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 337 aa  242  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  50.74 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  49.63 
 
 		 318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 332 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  50.58 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  42.46 
 
 		 299 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  46.85 
 
 		 315 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 306 aa  235  7e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 		 313 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  46.59 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.88 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 305 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  48 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  50.84 
 
 		 331 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 305 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 339 aa  226  6e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  45.32 
 
 		 324 aa  226  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 314 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  39.88 
 
 		 305 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  43.01 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.99 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 314 aa  219  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  39.88 
 
 		 293 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 		 309 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  39.88 
 
 		 293 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  38.58 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  38.58 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 318 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  37.03 
 
 		 317 aa  216  5.9999999999999996e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  38.48 
 
 		 319 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 317 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  37.65 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  46.47 
 
 		 371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  36.8 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>