298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0004 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 459 aa  943    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185979  hitchhiker  0.0000000160944 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.86 
 
 		 404 aa  430  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  0.00000172391 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  49.78 
 
 		 402 aa  431  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  28.2 
 
 		 360 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  28.17 
 
 		 367 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  27.95 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  37.55 
 
 		 357 aa  163  6e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  27.79 
 
 		 361 aa  163  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  37.55 
 
 		 357 aa  162  9e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  33.71 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  27.73 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.73 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  33.33 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  27.35 
 
 		 361 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  27.95 
 
 		 367 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  34.22 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  34.22 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  34.22 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  34.22 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  26.86 
 
 		 360 aa  156  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.66 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  33.46 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  27.29 
 
 		 361 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  33.21 
 
 		 363 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  28.6 
 
 		 349 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.67 
 
 		 360 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  27.29 
 
 		 361 aa  152  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  32.95 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  38.08 
 
 		 363 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  33.84 
 
 		 359 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  34.6 
 
 		 361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  27.73 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  29.36 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  31.56 
 
 		 360 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.23 
 
 		 360 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  31.56 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  28.45 
 
 		 361 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  31.52 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  33.84 
 
 		 361 aa  147  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  31.65 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  34.6 
 
 		 361 aa  147  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  34.6 
 
 		 361 aa  147  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  31.56 
 
 		 360 aa  147  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  34.96 
 
 		 369 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  27.92 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  34.09 
 
 		 367 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  33.33 
 
 		 367 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  32.32 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  32.51 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  32.16 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  32.7 
 
 		 357 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  31.94 
 
 		 358 aa  137  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.81 
 
 		 373 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.95 
 
 		 367 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  31.56 
 
 		 357 aa  131  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  32.2 
 
 		 365 aa  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  32.7 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  31.18 
 
 		 367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.85 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  32.31 
 
 		 365 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.3 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  24.26 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.2 
 
 		 360 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.9 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  30.3 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  30.3 
 
 		 364 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.22 
 
 		 377 aa  107  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.2 
 
 		 359 aa  106  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.71 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  31.6 
 
 		 364 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  25.76 
 
 		 359 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  27.37 
 
 		 365 aa  99.4  1e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.72 
 
 		 376 aa  97.8  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.15 
 
 		 370 aa  97.8  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.88 
 
 		 382 aa  93.2  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 359 aa  87  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  25 
 
 		 364 aa  86.7  7e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  23.9 
 
 		 362 aa  86.3  9e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.31 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  27.75 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.12 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  26.1 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.36 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.2 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  24.85 
 
 		 370 aa  80.9  0.00000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  27.04 
 
 		 373 aa  79  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  24.83 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  26.26 
 
 		 364 aa  79  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>