More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5303 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0001  parB-like partition protein  100 
 
 
290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184934 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5303  parB-like partition protein  100 
 
 
290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157969  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  97.93 
 
 
290 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5208  parB-like partition protein  94.48 
 
 
290 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5607  ParB family protein  86.21 
 
 
290 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5129  ParB-like partition protein  86.21 
 
 
290 aa  481  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5738  chromosome segregation DNA-binding protein  85.86 
 
 
290 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193091  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4615  chromosome segregation DNA-binding protein  80.34 
 
 
289 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73330  chromosome partitioning protein Spo0J  79.31 
 
 
290 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6364  chromosome partitioning protein Spo0J  79.66 
 
 
290 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52240  chromosome partition ParB  77.89 
 
 
294 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4009  chromosome segregation DNA-binding protein  62.88 
 
 
304 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3883  parB-like partition protein  63.82 
 
 
295 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0441095  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4025  chromosome segregation DNA-binding protein  61.43 
 
 
292 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.006539  normal  0.910655 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4138  chromosome segregation DNA-binding protein  61.43 
 
 
292 aa  353  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.001205  hitchhiker  0.000138083 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4755  ParB family protein  61.43 
 
 
292 aa  350  1e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3933  chromosome segregation DNA-binding protein  61.09 
 
 
292 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000290836  hitchhiker  0.00288573 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4303  parB-like partition proteins  60.82 
 
 
290 aa  348  6e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.279457  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3964  parB-like partition protein  60.62 
 
 
292 aa  345  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.20429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4373  parB-like partition protein  59.59 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4374  parB-like partition protein  59.59 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000285839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4515  parB-like partition protein  59.59 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0559335  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4318  parB-like partition protein  59.59 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0394503  hitchhiker  0.000000000117233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3292  chromosome segregation DNA-binding protein  60.33 
 
 
306 aa  335  5e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3652  ParB family protein  58.36 
 
 
292 aa  333  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0209333  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3853  parB-like partition protein  57.34 
 
 
292 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0431793  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3082  ParB-like partition protein  58.36 
 
 
291 aa  318  6e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0110147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3760  parB-like partition proteins  57.97 
 
 
294 aa  315  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0200998  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4906  parB-like partition protein  55.37 
 
 
296 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00066278  normal  0.174016 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4248  parB-like partition protein  56.42 
 
 
294 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00203372  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2128  ParB-like partition protein  53.82 
 
 
288 aa  311  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0195  chromosome partitioning protein  53.82 
 
 
290 aa  311  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3313  ParB-like partition protein  57.19 
 
 
286 aa  310  1e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.267567  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04091  ParB family protein  57.48 
 
 
292 aa  309  2.9999999999999997e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00869743  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4494  ParB family protein  55.25 
 
 
294 aa  308  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00131449  hitchhiker  0.00000708734 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2595  parB-like partition protein  55.79 
 
 
280 aa  300  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0581078  normal  0.0919239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4053  parB-like partition proteins  57.53 
 
 
293 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0207  parB-like partition protein  56.99 
 
 
283 aa  298  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2877  parB-like partition proteins  56.55 
 
 
287 aa  296  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.754153  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4470  parB-like partition protein  53.42 
 
 
294 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000450981  hitchhiker  0.00000000228393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5044  parB family protein  54.15 
 
 
300 aa  293  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2438  parB-like partition proteins  54.85 
 
 
297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.291744  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3036  parB-like partition protein  52.23 
 
 
310 aa  281  9e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4106  chromosome segregation DNA-binding protein  52.92 
 
 
284 aa  277  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000709761  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0096  parB-like partition proteins  52.94 
 
 
305 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0113  parB-like partition protein  52.94 
 
 
297 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2959  parB-like partition proteins  52.94 
 
 
297 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3278  chromosome segregation DNA-binding protein  52.6 
 
 
305 aa  275  8e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325017  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3902  parB-like partition protein  51.9 
 
 
295 aa  275  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0031  chromosome segregation DNA-binding protein  51.56 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2520  ParB family protein  53.17 
 
 
293 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000102448  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1596  putative stage 0 sporulation protein J  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.265363  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4053  ParB family protein  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2947  stage 0 sporulation protein J, putative  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0187  chromosome partitioning protein ParB  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0323647  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3006  putative stage 0 sporulation protein J  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3979  ParB family protein  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0625323  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3364  putative stage 0 sporulation protein J  52.94 
 
 
295 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3317  stage 0 sporulation protein J, putative  52.6 
 
 
295 aa  271  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3067  putative chromosome partitioning protein ParB  51.55 
 
 
294 aa  269  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3520  parB-like partition protein  50.83 
 
 
303 aa  269  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3195  parB-like partition protein  50.83 
 
 
303 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2752  chromosome segregation DNA-binding protein  50.69 
 
 
286 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000743085  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02929  chromosome partitioning protein  51.99 
 
 
309 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3325  putative chromosome partitioning protein PARB  49.5 
 
 
303 aa  263  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00569301  normal  0.133715 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3965  parB-like partition protein  53.36 
 
 
307 aa  263  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00430  chromosome partitioning protein  51.58 
 
 
293 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0004  ParB family protein  54.67 
 
 
282 aa  261  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.177803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0096  parB-like partition protein  52.94 
 
 
297 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002022  chromosome (plasmid) partitioning protein ParB/stage 0 sporulation protein J  50.7 
 
 
293 aa  259  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000100798  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0097  parB-like partition protein  52.6 
 
 
297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0087  parB-like partition proteins  52.6 
 
 
305 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183022  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2767  parB-like partition proteins  52.26 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000194668  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0068  parB-like partition proteins  49.02 
 
 
311 aa  251  7e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.820114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3738  parB-like partition proteins  48.01 
 
 
305 aa  250  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.412058 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1068  parB-like partition proteins  49.5 
 
 
303 aa  249  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.701967  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0198  parB-like partition protein  50.84 
 
 
302 aa  246  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.395189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0051  parB-like partition protein  49.19 
 
 
311 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0078  chromosome segregation DNA-binding protein  48.06 
 
 
311 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2805  hypothetical protein  46.02 
 
 
289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1399  parB-like partition protein  50 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0053  parB-like partition proteins  48.22 
 
 
313 aa  243  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1473  chromosome partitioning protein  50.83 
 
 
310 aa  243  3e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2951  hypothetical protein  46.37 
 
 
301 aa  241  7.999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3503  chromosome segregation DNA-binding protein  52.54 
 
 
300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2174  parB-like partition proteins  45.67 
 
 
289 aa  239  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000145902  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1319  chromosome segregation DNA-binding protein  47.94 
 
 
375 aa  236  4e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3354  chromosome segregation DNA-binding protein  52.01 
 
 
300 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0056  chromosome segregation DNA-binding protein  46.95 
 
 
313 aa  235  7e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0065  chromosome partitioning protein  43.36 
 
 
315 aa  233  3e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.446293  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0033  ParB-like partition domain-containing protein  43.36 
 
 
289 aa  233  4.0000000000000004e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0050  parB-like partition protein  44.76 
 
 
315 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3780  chromosome segregation DNA-binding protein  50.76 
 
 
303 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000296744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1059  parB-like partition proteins  47.19 
 
 
371 aa  230  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2805  chromosome segregation DNA-binding protein  51.23 
 
 
284 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.012977  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1396  parB-like partition protein  48.51 
 
 
362 aa  228  8e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0186141  hitchhiker  0.0000927483 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0018  parB-like partition protein  45.48 
 
 
296 aa  227  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0417799  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0347  chromosome segregation DNA-binding protein  43.88 
 
 
299 aa  227  2e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2815  parB-like partition protein  48.2 
 
 
294 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.121053  normal  0.211024 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4501  parB-like partition protein  46.44 
 
 
298 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.125529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>