More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5115 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  54.3 
 
 
925 aa  961  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.3 
 
 
913 aa  979  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1612  ABC transporter related  51.29 
 
 
935 aa  922  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1561  ABC transporter related  51.31 
 
 
918 aa  936  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  55.07 
 
 
904 aa  949  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  56.64 
 
 
929 aa  976  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69070  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  56.08 
 
 
916 aa  963  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  53.4 
 
 
912 aa  910  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  53.73 
 
 
911 aa  961  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  56.15 
 
 
909 aa  971  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  52.07 
 
 
936 aa  901  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  51.6 
 
 
919 aa  908  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.19 
 
 
913 aa  976  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  54.44 
 
 
912 aa  954  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  53.96 
 
 
911 aa  961  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  51.46 
 
 
930 aa  877  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  54.19 
 
 
913 aa  979  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  53.01 
 
 
930 aa  921  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  54.51 
 
 
927 aa  954  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  51.5 
 
 
921 aa  903  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2340  ABC multidrug efflux pump, fused duplicated ATPase and inner membrane subunits  51.74 
 
 
927 aa  883  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0626468  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.19 
 
 
913 aa  978  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  55.14 
 
 
908 aa  925  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  52.9 
 
 
901 aa  900  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  55.03 
 
 
917 aa  981  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  50.98 
 
 
936 aa  848  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  53.43 
 
 
918 aa  909  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.34 
 
 
915 aa  989  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  100 
 
 
906 aa  1828  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  53.96 
 
 
911 aa  963  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5974  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  56.34 
 
 
916 aa  983  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  53.85 
 
 
911 aa  959  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  52.65 
 
 
926 aa  941  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  56.29 
 
 
916 aa  964  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4845  ABC transporter related  54.6 
 
 
928 aa  959  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.771087  normal  0.268191 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  53.99 
 
 
933 aa  961  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.03 
 
 
924 aa  964  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  50.69 
 
 
942 aa  865  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  57.19 
 
 
911 aa  967  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  53.96 
 
 
911 aa  964  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  53.85 
 
 
911 aa  959  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  52.09 
 
 
901 aa  899  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  57 
 
 
901 aa  990  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  54.36 
 
 
932 aa  982  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  52.38 
 
 
921 aa  919  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  97.02 
 
 
906 aa  1778  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  53.94 
 
 
912 aa  952  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5883  ABC transporter related  50.6 
 
 
942 aa  842  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  55.19 
 
 
914 aa  983  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2950  ABC transporter related  54.88 
 
 
943 aa  957  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  80.26 
 
 
906 aa  1452  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  56.88 
 
 
920 aa  1022  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  53.3 
 
 
913 aa  942  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  52.65 
 
 
922 aa  948  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  53.96 
 
 
911 aa  963  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  52.7 
 
 
922 aa  907  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  51.96 
 
 
936 aa  899  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3880  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  51.52 
 
 
914 aa  894  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.859575  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  52.67 
 
 
901 aa  897  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  52.58 
 
 
927 aa  928  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  56.16 
 
 
907 aa  957  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  51.82 
 
 
912 aa  909  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  53.96 
 
 
911 aa  963  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  53.96 
 
 
911 aa  963  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  54.05 
 
 
912 aa  932  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  55.83 
 
 
930 aa  970  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  54.21 
 
 
911 aa  934  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  99.12 
 
 
906 aa  1814  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1151  ABC transporter related  61.85 
 
 
994 aa  617  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.64731  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  57.65 
 
 
1017 aa  580  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  58.04 
 
 
1082 aa  572  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  58.04 
 
 
1089 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  57.75 
 
 
1071 aa  571  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  58.04 
 
 
1066 aa  571  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  57.75 
 
 
1079 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  57.75 
 
 
1071 aa  571  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1740  ABC transporter related  41.16 
 
 
593 aa  391  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733872  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  41.7 
 
 
510 aa  372  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  39.96 
 
 
512 aa  371  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  39.69 
 
 
582 aa  358  3e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1779  ABC transporter, ATPase subunit  40.14 
 
 
579 aa  355  3e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3251  ABC transporter related  38.89 
 
 
581 aa  350  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3038  ABC transporter related  38.52 
 
 
588 aa  344  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2901  ABC transporter related  37.39 
 
 
580 aa  340  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  37.39 
 
 
580 aa  340  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1795  ABC transporter related  37.72 
 
 
578 aa  337  7e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2943  ABC transporter related protein  37.23 
 
 
585 aa  333  8e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.773013  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3001  ABC transporter related  38.39 
 
 
585 aa  320  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0350  ABC transporter, ATP-binding protein  32.42 
 
 
541 aa  311  4e-83  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  32.2 
 
 
1106 aa  301  3e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0260  ABC transporter, ATP-binding protein  32.97 
 
 
551 aa  274  5e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  30.01 
 
 
691 aa  270  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1135  hypothetical protein  36.16 
 
 
384 aa  252  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3706  ABC transporter related  45.96 
 
 
594 aa  243  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0130  ABC transporter related  46.08 
 
 
576 aa  243  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  45.85 
 
 
575 aa  240  7e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8103  ABC transporter related  43.2 
 
 
578 aa  236  1e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  44.21 
 
 
590 aa  235  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  44.44 
 
 
257 aa  233  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1134  ABC transporter related  44.09 
 
 
651 aa  232  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>