More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5030 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  70.85 
 
 		 424 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  71.16 
 
 		 426 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  71.39 
 
 		 426 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  73.46 
 
 		 424 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 426 aa  882    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0591  impB/mucB/samB family protein  70.14 
 
 		 366 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.110123  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  53.32 
 
 		 423 aa  435  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  52.49 
 
 		 422 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  51.54 
 
 		 422 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  51.78 
 
 		 422 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  52.26 
 
 		 422 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  51.54 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  51.54 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  51.54 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  51.31 
 
 		 422 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  51.54 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  51.54 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  51.31 
 
 		 422 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  51.31 
 
 		 422 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  47.85 
 
 		 422 aa  379  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  47.96 
 
 		 424 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  48.09 
 
 		 420 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  46.65 
 
 		 421 aa  362  7.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  46.34 
 
 		 424 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  46.65 
 
 		 424 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  46.56 
 
 		 424 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  46.32 
 
 		 424 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  45.82 
 
 		 423 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0086  ultraviolet light resistance protein B  51.7 
 
 		 360 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  45.05 
 
 		 425 aa  349  6e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  45.71 
 
 		 427 aa  348  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  46.5 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  45.13 
 
 		 425 aa  346  4e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  44.66 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  44.84 
 
 		 430 aa  338  9e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.28 
 
 		 420 aa  338  9.999999999999999e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  44.89 
 
 		 420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  43.97 
 
 		 432 aa  334  1e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  44.52 
 
 		 421 aa  332  9e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  42.14 
 
 		 450 aa  331  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  43.41 
 
 		 449 aa  331  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.23 
 
 		 419 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  42.32 
 
 		 418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 426 aa  318  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  43.03 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  41.84 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  43.03 
 
 		 418 aa  317  4e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  44.84 
 
 		 423 aa  317  4e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  40.09 
 
 		 450 aa  312  9e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  39.67 
 
 		 446 aa  311  1e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  43.9 
 
 		 423 aa  309  5e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 		 426 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  42.32 
 
 		 432 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  42.24 
 
 		 418 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  40.43 
 
 		 418 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  42.24 
 
 		 418 aa  305  7e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 		 497 aa  301  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  40.66 
 
 		 418 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  40.05 
 
 		 422 aa  300  2e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  39.62 
 
 		 418 aa  300  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  42.92 
 
 		 424 aa  300  2e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  41.37 
 
 		 418 aa  299  6e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  43.76 
 
 		 423 aa  298  8e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  42.89 
 
 		 437 aa  298  1e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  38.92 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  42.72 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  42.6 
 
 		 492 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  39.86 
 
 		 423 aa  290  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 		 418 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  37.94 
 
 		 418 aa  290  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  39.29 
 
 		 424 aa  288  2e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  39.86 
 
 		 417 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  42.72 
 
 		 418 aa  288  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  38.5 
 
 		 417 aa  287  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 424 aa  286  5.999999999999999e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  43.29 
 
 		 442 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  40.61 
 
 		 425 aa  281  1e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  40.9 
 
 		 418 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  40.9 
 
 		 418 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  39.81 
 
 		 426 aa  281  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 		 443 aa  280  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  40.9 
 
 		 418 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  40.9 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  42.62 
 
 		 442 aa  280  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 		 478 aa  279  7e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 423 aa  277  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  37.85 
 
 		 421 aa  277  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 418 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 424 aa  274  3e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  38.86 
 
 		 437 aa  273  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 418 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 418 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  36.73 
 
 		 428 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  37 
 
 		 428 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  41.02 
 
 		 382 aa  266  7e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  36.28 
 
 		 422 aa  263  4e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>