More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4960 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4960  ribosomal protein L31  100 
 
 		 100 aa  206  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5087  50S ribosomal protein L31  100 
 
 		 71 aa  150  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5137  50S ribosomal protein L31  98.59 
 
 		 71 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0378  50S ribosomal protein L31  88.73 
 
 		 71 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0401  50S ribosomal protein L31  84.51 
 
 		 72 aa  130  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0399  50S ribosomal protein L31  69.01 
 
 		 73 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.96795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45340  ribosomal protein L31  68.57 
 
 		 70 aa  107  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374331  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0537  50S ribosomal protein L31P  67.14 
 
 		 70 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5136  ribosomal protein L31  69.01 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0704  50S ribosomal protein L31  68.18 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0686  50S ribosomal protein L31  68.18 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66710  50S ribosomal protein L31  64.79 
 
 		 71 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5786  50S ribosomal protein L31  64.79 
 
 		 71 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0823  ribosomal protein L31  65.28 
 
 		 73 aa  103  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.013762  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3793  ribosomal protein L31  61.97 
 
 		 71 aa  101  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0118  ribosomal protein L31  61.97 
 
 		 71 aa  100  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1472  50S ribosomal protein L31P  56 
 
 		 77 aa  100  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000025459  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3932  ribosomal protein L31  67.12 
 
 		 73 aa  100  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1256  ribosomal protein L31  63.01 
 
 		 82 aa  100  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0693718  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2086  50S ribosomal protein L31  61.54 
 
 		 75 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0039  50S ribosomal protein L31  67.16 
 
 		 68 aa  98.6  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196539 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2744  50S ribosomal protein L31  61.11 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00728  50S ribosomal protein L31  59.72 
 
 		 72 aa  98.6  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1087  ribosomal protein L31  65.15 
 
 		 70 aa  98.2  4e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03520  50S ribosomal subunit protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1117  ribosomal protein L31  66.15 
 
 		 153 aa  97.4  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000320944  hitchhiker  0.000000000000256974 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3758  50S ribosomal protein L31  61.43 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2252  50S ribosomal protein L31  59.72 
 
 		 72 aa  97.4  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4426  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4428  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4496  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0184  50S ribosomal protein L31  61.97 
 
 		 71 aa  97.1  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4342  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4312  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0170  50S ribosomal protein L31  61.97 
 
 		 71 aa  96.7  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0322  ribosomal protein L31  61.54 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.385126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0381  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001744  LSU ribosomal protein L31p  59.72 
 
 		 73 aa  95.9  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00827277  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2420  50S ribosomal protein L31  65.15 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.534743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0243  ribosomal protein L31  60.61 
 
 		 68 aa  95.9  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1908  ribosomal protein L31  63.64 
 
 		 75 aa  95.9  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.188174  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3493  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0459  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3670  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0447  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2967  ribosomal protein L31  62.69 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000717812  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3776  50S ribosomal protein L31  58.57 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.653741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4125  ribosomal protein L31  61.54 
 
 		 71 aa  95.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000665259  hitchhiker  0.000000407647 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1810  ribosomal protein L31  64.62 
 
 		 74 aa  95.1  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.731859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4788  50S ribosomal protein L31  60.56 
 
 		 71 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000702878 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3354  50S ribosomal protein L31  58.57 
 
 		 70 aa  94.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0887  50S ribosomal protein L31  66.67 
 
 		 75 aa  94.4  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.310372  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4120  50S ribosomal protein L31  58.57 
 
 		 70 aa  94  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4149  ribosomal protein L31  60 
 
 		 74 aa  94.4  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4188  ribosomal protein L31  59.15 
 
 		 71 aa  94  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1204  ribosomal protein L31  61.11 
 
 		 72 aa  93.6  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.72511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4365  50S ribosomal protein L31  60 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4424  50S ribosomal protein L31  57.14 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09270  ribosomal protein L31  66.15 
 
 		 175 aa  93.2  1e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0668884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4098  50S ribosomal protein L31  57.75 
 
 		 71 aa  92.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3811  50S ribosomal protein L31  57.75 
 
 		 71 aa  92.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3712  50S ribosomal protein L31  56.52 
 
 		 73 aa  92  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000169936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4064  50S ribosomal protein L31  60.61 
 
 		 65 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000459753  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0118  50S ribosomal protein L31  57.75 
 
 		 71 aa  92.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2381  ribosomal protein L31  61.19 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00476114  normal  0.0805503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2999  50S ribosomal protein L31  54.93 
 
 		 74 aa  92  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00163219  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1060  ribosomal protein L31  60 
 
 		 71 aa  91.7  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.431965  normal  0.787864 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04660  ribosomal protein L31  64.62 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  hitchhiker  0.0000489926 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09910  LSU ribosomal protein L31P  63.64 
 
 		 69 aa  91.3  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0553  50S ribosomal protein L31  55.71 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2858  50S ribosomal protein L31  55.71 
 
 		 70 aa  92  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0536  50S ribosomal protein L31  55.71 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3888  50S ribosomal protein L31  58.9 
 
 		 81 aa  91.3  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3874  50S ribosomal protein L31  58.9 
 
 		 81 aa  91.3  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0952306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3807  50S ribosomal protein L31  56.52 
 
 		 72 aa  91.3  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3962  50S ribosomal protein L31  58.9 
 
 		 81 aa  91.3  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.845671  normal  0.37282 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0377  50S ribosomal protein L31  57.58 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29920  LSU ribosomal protein L31P  59.09 
 
 		 70 aa  90.9  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.568534 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1655  50S ribosomal protein L31  62.12 
 
 		 72 aa  90.5  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2460  ribosomal protein L31  56.34 
 
 		 71 aa  90.9  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1235  ribosomal protein L31  56.34 
 
 		 76 aa  90.9  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.803826  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0640  50S ribosomal protein L31P  61.76 
 
 		 86 aa  90.5  6e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.045358 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4037  50S ribosomal protein L31  55.71 
 
 		 70 aa  90.9  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0498  50S ribosomal protein L31  54.29 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3842  50S ribosomal protein L31  54.29 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0477  50S ribosomal protein L31  54.29 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0501  50S ribosomal protein L31  54.29 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18350  LSU ribosomal protein L31P  59.09 
 
 		 71 aa  90.1  8e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.414858  normal  0.888151 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3107  50S ribosomal protein L31  57.58 
 
 		 65 aa  90.1  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.938901  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19250  LSU ribosomal protein L31P  62.12 
 
 		 71 aa  90.1  9e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.464587  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3721  50S ribosomal protein L31  62.12 
 
 		 78 aa  90.1  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4027  50S ribosomal protein L31  56.94 
 
 		 74 aa  90.1  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2694  ribosomal protein L31  56.92 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000747794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1997  50S ribosomal protein L31  60.61 
 
 		 72 aa  89.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285312  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0114  ribosomal protein L31  58.46 
 
 		 139 aa  89.7  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.434874  normal  0.146385 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0733  50S ribosomal protein L31  54.29 
 
 		 120 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.243379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0808  ribosomal protein L31  58.46 
 
 		 68 aa  89.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1888  50S ribosomal protein L31  60.61 
 
 		 70 aa  90.1  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0909823  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0659  ribosomal protein L31  58.46 
 
 		 68 aa  89.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1009  50S ribosomal protein L31  62.12 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.622612  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>