More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4951 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  99.45 
 
 		 365 aa  739    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 365 aa  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  86.03 
 
 		 367 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  87.67 
 
 		 366 aa  643    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  99.73 
 
 		 376 aa  739    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  95.89 
 
 		 365 aa  719    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  85.21 
 
 		 367 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  83.93 
 
 		 367 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  79.18 
 
 		 368 aa  591  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  78.9 
 
 		 368 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45240  3-dehydroquinate synthase  80 
 
 		 367 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  67.61 
 
 		 361 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  65.55 
 
 		 359 aa  461  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  63.66 
 
 		 368 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  63.38 
 
 		 362 aa  458  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  64.33 
 
 		 365 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  63.87 
 
 		 361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  61.28 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  63.76 
 
 		 359 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  64.41 
 
 		 359 aa  442  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  61.88 
 
 		 374 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  59.67 
 
 		 368 aa  431  1e-120  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  59.35 
 
 		 368 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  60.94 
 
 		 359 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  56.46 
 
 		 356 aa  426  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  64.83 
 
 		 364 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  61.05 
 
 		 368 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  60.66 
 
 		 359 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  56.18 
 
 		 358 aa  418  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  59.44 
 
 		 366 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  59.22 
 
 		 361 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  61.19 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  59.5 
 
 		 361 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0614  3-dehydroquinate synthase  64.9 
 
 		 370 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  56.02 
 
 		 358 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  59.35 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  55.08 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  59.83 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  61.05 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  57.62 
 
 		 361 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  59.61 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  60.47 
 
 		 368 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  57.02 
 
 		 359 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  63.92 
 
 		 364 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 		 359 aa  414  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  56.74 
 
 		 359 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  58.17 
 
 		 361 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  57.62 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  56.46 
 
 		 359 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 358 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  59.48 
 
 		 359 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  61.34 
 
 		 368 aa  411  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  58.24 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  56.9 
 
 		 358 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  66.76 
 
 		 360 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  56.9 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  56.46 
 
 		 359 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  60.47 
 
 		 366 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  60.11 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  57.39 
 
 		 359 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 		 361 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  58.26 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  55.12 
 
 		 366 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  55.68 
 
 		 366 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0226  3-dehydroquinate synthase  58.56 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000635548  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  56.39 
 
 		 431 aa  395  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3965  3-dehydroquinate synthase  58.56 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 369 aa  397  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3726  3-dehydroquinate synthase  58.56 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000354309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 388 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  59.39 
 
 		 372 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4059  3-dehydroquinate synthase  59.12 
 
 		 361 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000961699  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  59.83 
 
 		 367 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  59.83 
 
 		 367 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0324  3-dehydroquinate synthase  58.52 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000234732  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0324  3-dehydroquinate synthase  58.52 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000222856  normal  0.122437 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0261  3-dehydroquinate synthase  58.77 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  60.45 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3802  3-dehydroquinate synthase  59.77 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0821426  normal  0.876951 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03193  hypothetical protein  58.52 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00984736  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  54.24 
 
 		 355 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3859  3-dehydroquinate synthase  58.52 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000380736  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4693  3-dehydroquinate synthase  58.52 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>