More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4887 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5152  ubiquinone biosynthesis protein UbiB  81.52 
 
 
539 aa  887    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0387  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  82.07 
 
 
539 aa  890    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0521  2-octaprenylphenol hydroxylase  78.15 
 
 
527 aa  797    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.273302  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0385  2-octaprenylphenol hydroxylase  82.22 
 
 
534 aa  875    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.312761  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45430  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  77.14 
 
 
537 aa  822    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5063  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  97.41 
 
 
540 aa  981    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6439  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0452  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  95.93 
 
 
539 aa  944    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.755983  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5804  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  76.11 
 
 
533 aa  835    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4887  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  100 
 
 
540 aa  1088    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66920  ubiquinone biosynthesis protein UbiB  76.3 
 
 
533 aa  835    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3417  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  57.77 
 
 
547 aa  600  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0595  2-octaprenylphenol hydroxylase  62.32 
 
 
540 aa  579  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.294006  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2702  2-octaprenylphenol hydroxylase  55.9 
 
 
534 aa  576  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0061  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  56.43 
 
 
558 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0250  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.41 
 
 
543 aa  572  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.370587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0101  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  63.72 
 
 
561 aa  569  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.207696  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1207  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  59.04 
 
 
553 aa  571  1e-161  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.842555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0745  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  57.91 
 
 
547 aa  567  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4245  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  57.22 
 
 
546 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.806176  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4299  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.25 
 
 
546 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.128892  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4203  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.25 
 
 
546 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4359  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.25 
 
 
546 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4180  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.25 
 
 
546 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.944164  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4252  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.25 
 
 
546 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0273  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.9 
 
 
543 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3639  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.9 
 
 
543 aa  555  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0071  2-octaprenylphenol hydroxylase  54.87 
 
 
553 aa  556  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3958  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.78 
 
 
546 aa  557  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4218  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.29 
 
 
546 aa  557  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118244 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2430  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.68 
 
 
544 aa  558  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03728  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4144  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4307  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2972  hypothetical protein  57.87 
 
 
549 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2820  hypothetical protein  54.49 
 
 
549 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3943  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  59.83 
 
 
543 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4356  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5276  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.709941  normal  0.225701 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4173  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514072 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03677  hypothetical protein  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4054  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.67 
 
 
546 aa  555  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4059  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.11 
 
 
546 aa  555  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1186  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  60.5 
 
 
556 aa  548  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001925  ubiquinone biosynthesis monooxygenase UbiB  55.04 
 
 
544 aa  550  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3913  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.47 
 
 
545 aa  551  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03488  predicted protein kinase  57.06 
 
 
529 aa  550  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00564  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.65 
 
 
544 aa  548  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2998  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.19 
 
 
543 aa  541  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2019  ubiquinone biosynthesis protein AarF  58.72 
 
 
542 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2345  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.56 
 
 
557 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.391466  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3761  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.93 
 
 
545 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4211  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  56.81 
 
 
544 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.869806  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0321  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.21 
 
 
546 aa  530  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0400  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.06 
 
 
546 aa  530  1e-149  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2120  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase accessory protein  53.66 
 
 
541 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.191993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0719  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.56 
 
 
509 aa  526  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0296  ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.37 
 
 
522 aa  523  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.877142  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0065  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  53.47 
 
 
541 aa  524  1e-147  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0544  2-octaprenylphenol hydroxylase  51 
 
 
544 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0799  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  58.08 
 
 
521 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0870  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  58.08 
 
 
521 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216871  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1067  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.1 
 
 
525 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.487592  normal  0.456322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0863  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.39 
 
 
517 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0740151 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0434  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.73 
 
 
525 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3641  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.15 
 
 
522 aa  514  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.302348  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4126  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  53.29 
 
 
521 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185917  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3869  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  53.09 
 
 
506 aa  510  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0351  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  53.99 
 
 
525 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.594267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0336  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  53.99 
 
 
525 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3204  ubiquinone biosynthesis protein AarF  49.91 
 
 
549 aa  510  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0971234  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3375  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  51.43 
 
 
549 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0562258  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3794  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  49.64 
 
 
549 aa  502  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.647257  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0461  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  56.28 
 
 
525 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0784  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55 
 
 
517 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0988  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  58.7 
 
 
504 aa  504  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0374  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  51.79 
 
 
525 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.218508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5458  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.78 
 
 
521 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245549  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0213  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  54.02 
 
 
522 aa  499  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.331416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4010  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  55.08 
 
 
522 aa  498  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000133652 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4098  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.99 
 
 
549 aa  497  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0556  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.79 
 
 
525 aa  498  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0525  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  49.42 
 
 
549 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0377  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  51.57 
 
 
527 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.313237 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4201  ubiquinone biosynthesis protein AarF  48.59 
 
 
549 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0189  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2757  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.925826  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2321  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0848  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.120118  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0443  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.99 
 
 
549 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.627543 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2401  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3897  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.99 
 
 
549 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0417  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.99 
 
 
549 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.915437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0429  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  47.99 
 
 
549 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4047  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.62 
 
 
525 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.690468 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0670  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0686  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.31 
 
 
525 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485963  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3727  2-octaprenylphenol hydroxylase  49.61 
 
 
549 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0652  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.52 
 
 
525 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.559631 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1294  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  55.51 
 
 
521 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0881794  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2756  putative ubiquinone biosynthesis protein UbiB  52.33 
 
 
525 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.626039  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>