35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4881 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 
261 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  99.3 
 
 
261 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  97.2 
 
 
258 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  94.24 
 
 
254 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  59.83 
 
 
230 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  72.79 
 
 
292 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  64.81 
 
 
257 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  70.5 
 
 
322 aa  194  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  70.5 
 
 
309 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.49 
 
 
284 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  39.69 
 
 
138 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.33 
 
 
139 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  37.12 
 
 
148 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.61 
 
 
157 aa  95.5  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.61 
 
 
157 aa  95.1  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  38.71 
 
 
140 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  37.82 
 
 
138 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.07 
 
 
194 aa  92.8  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  32.68 
 
 
200 aa  88.6  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36 
 
 
139 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  33.62 
 
 
168 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.61 
 
 
167 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.83 
 
 
139 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.4 
 
 
139 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.4 
 
 
139 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.29 
 
 
148 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  32.5 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  34.55 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  29.46 
 
 
163 aa  72.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  36.04 
 
 
183 aa  71.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  24.07 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  24.07 
 
 
168 aa  67.8  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  39.56 
 
 
177 aa  58.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  28.57 
 
 
159 aa  53.1  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1549  hypothetical protein  24.81 
 
 
245 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000640295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>