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for query gene Pput_4880 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  99.51 
 
 		 204 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  95.1 
 
 		 204 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  96.08 
 
 		 204 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  76.96 
 
 		 204 aa  332  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  74.38 
 
 		 206 aa  322  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  78.22 
 
 		 205 aa  321  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  77.23 
 
 		 205 aa  321  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  75.49 
 
 		 204 aa  301  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 220 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 223 aa  130  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  40.49 
 
 		 237 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 222 aa  121  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 238 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 239 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  30.29 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 253 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 244 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 252 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 252 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 252 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 252 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 251 aa  104  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 251 aa  104  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 211 aa  104  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  31.86 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 227 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  31.87 
 
 		 221 aa  99.4  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 215 aa  97.1  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  32.52 
 
 		 220 aa  97.1  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 220 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 223 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 215 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 245 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 215 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 215 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 213 aa  93.6  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  30.48 
 
 		 214 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 215 aa  92.4  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  32.41 
 
 		 220 aa  92  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 217 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 225 aa  89.4  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  31.58 
 
 		 211 aa  88.6  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 		 215 aa  86.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 211 aa  84.7  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
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NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
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NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 332 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_19020  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
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NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 227 aa  53.1  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
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NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 231 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  43.64 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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