216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4674 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4674  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  100 
 
 
312 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4799  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  99.04 
 
 
312 aa  621  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.26616 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4852  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  92.31 
 
 
312 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0622  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  81.35 
 
 
312 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4962  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  58.36 
 
 
315 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0711  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  43.89 
 
 
318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374689  normal  0.0271624 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0854  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  41.18 
 
 
312 aa  202  8e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1482  hypothetical protein  36.89 
 
 
306 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0687  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.64 
 
 
305 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000215417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3925  hypothetical protein  36.57 
 
 
306 aa  193  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1456  hypothetical protein  37.79 
 
 
306 aa  192  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.946186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1282  hypothetical protein  37.46 
 
 
306 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1384  hypothetical protein  37.46 
 
 
306 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.202295  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1289  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  35.92 
 
 
306 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1418  hypothetical protein  35.92 
 
 
306 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1254  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  37.46 
 
 
306 aa  191  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203057  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1256  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  37.46 
 
 
306 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1087  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  37.09 
 
 
305 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1525  hypothetical protein  36.89 
 
 
306 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1838  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  40.45 
 
 
311 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.396505 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1985  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  39.23 
 
 
339 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4176  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  37.54 
 
 
357 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0745  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.35 
 
 
316 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0590  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  38.38 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00406541  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3393  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  38.63 
 
 
344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.370243 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0584  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.92 
 
 
348 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2258  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.88 
 
 
363 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000465368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0601  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.92 
 
 
348 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.62332  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2768  LD-carboxypeptidase family protein  33.33 
 
 
293 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0019  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.67 
 
 
316 aa  168  8e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.215388 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0027  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  35.83 
 
 
320 aa  168  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2453  mccF-like protein  33.33 
 
 
293 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4910  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  37.36 
 
 
310 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128851  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3582  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.67 
 
 
309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149694 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0047  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  36.19 
 
 
323 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4926  twin-arginine translocation pathway signal  36.33 
 
 
361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0046  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.28 
 
 
322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2030  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  40.58 
 
 
333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.630907  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0048  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  36.57 
 
 
314 aa  160  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.616431  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2621  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  38.51 
 
 
329 aa  159  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.799378  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0029  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  36.04 
 
 
316 aa  159  6e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0259405  normal  0.953686 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3395  peptidase S66, LD-carboxypeptidase A  42.91 
 
 
321 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3337  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  37.62 
 
 
309 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2016  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  35.95 
 
 
318 aa  154  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.731206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3374  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.68 
 
 
341 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.511147 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5967  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  37.58 
 
 
301 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3989  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.95 
 
 
288 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000310915 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1664  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  39.32 
 
 
292 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.191805  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1956  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  40.66 
 
 
319 aa  153  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.131813 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3542  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  42.91 
 
 
321 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3478  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  42.91 
 
 
321 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4290  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  37.42 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6860  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.82 
 
 
348 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5153  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.1 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3904  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.71 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5103  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  39.62 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5403  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  38.43 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.381396 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7443  putative muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  37.58 
 
 
310 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3212  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  40.33 
 
 
325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0123  hypothetical protein  32.34 
 
 
297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1871  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  39.67 
 
 
313 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4524  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  39.36 
 
 
309 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0082  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.06 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.176259  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2668  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.48 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.127602 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6400  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.56 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.80456 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3416  carboxypeptidase  30.84 
 
 
292 aa  139  7e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4459  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  34.92 
 
 
301 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0209  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.66 
 
 
303 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647041  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04130  putative carboxypeptidase  32.28 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2200  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.2 
 
 
339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.498556  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0083  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.34 
 
 
344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1218  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  32.1 
 
 
299 aa  136  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.190854  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5012  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  34.01 
 
 
299 aa  135  8e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.915313  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1963  hypothetical protein  35.64 
 
 
298 aa  134  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2396  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.05 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.309773  normal  0.445345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7067  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.83 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1574  L,D-carboxypeptidase A  35.44 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844066 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2712  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.54 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6755  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  36.95 
 
 
315 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12577  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1976  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.09 
 
 
339 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0175337  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1845  L,D-carboxypeptidase A  34.58 
 
 
318 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4498  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.34 
 
 
297 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.68136  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0048  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.02 
 
 
321 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4434  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.88 
 
 
297 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19840  uncharacterized MccF-like protein (microcin C7 resistance)  34.94 
 
 
306 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.261069  decreased coverage  0.0000458463 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2333  L,D-carboxypeptidase A  30.77 
 
 
308 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.602476 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5487  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  27.19 
 
 
328 aa  122  9e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1397  L,D-carboxypeptidase A  34.59 
 
 
308 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.124574 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1921  L,D-carboxypeptidase A  33.58 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271346 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5457  hypothetical protein  27.5 
 
 
328 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2063  L,D-carboxypeptidase A  35.32 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2012  L,D-carboxypeptidase A  35.57 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5463  hypothetical protein  27.5 
 
 
328 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5495  hypothetical protein  26.99 
 
 
346 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1332  L,D-carboxypeptidase A  33.88 
 
 
308 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.25727 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3454  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  36.51 
 
 
300 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000129902  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1452  L,D-carboxypeptidase A  33.33 
 
 
308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5063  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  27.5 
 
 
328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3460  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  40.31 
 
 
311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0181696 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1303  L,D-carboxypeptidase A  34.92 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0537897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>