More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4576 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  100 
 
 
132 aa  266  8e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  100 
 
 
132 aa  266  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  99.24 
 
 
132 aa  263  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  98.48 
 
 
132 aa  262  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  76.69 
 
 
133 aa  207  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  75 
 
 
138 aa  204  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  73.44 
 
 
138 aa  201  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  70.87 
 
 
128 aa  189  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  69.53 
 
 
129 aa  184  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  69.53 
 
 
129 aa  183  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  68.22 
 
 
129 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  57.81 
 
 
129 aa  149  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  53.91 
 
 
126 aa  140  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  54.2 
 
 
147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
133 aa  137  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  47.9 
 
 
132 aa  134  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  47.9 
 
 
132 aa  134  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  54.47 
 
 
143 aa  134  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  48.74 
 
 
132 aa  133  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  50 
 
 
133 aa  131  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  52.17 
 
 
131 aa  130  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  50.83 
 
 
129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  49.23 
 
 
130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  50.76 
 
 
141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  54.92 
 
 
124 aa  127  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  43.9 
 
 
136 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  43.9 
 
 
136 aa  125  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  43.9 
 
 
136 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 
147 aa  122  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  43.61 
 
 
136 aa  123  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
133 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  43.51 
 
 
142 aa  122  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
133 aa  121  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  46.34 
 
 
137 aa  122  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  43.06 
 
 
146 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
133 aa  120  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
133 aa  120  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  42.36 
 
 
146 aa  120  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  42.11 
 
 
133 aa  120  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  43.06 
 
 
146 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  50.85 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  43.18 
 
 
143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 
128 aa  118  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  43.18 
 
 
131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  46.21 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  40.34 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  44.26 
 
 
137 aa  114  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 
123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  41.46 
 
 
123 aa  113  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  49.17 
 
 
123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  41.48 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  47.06 
 
 
127 aa  111  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 
125 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  50 
 
 
122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  48.74 
 
 
123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 
122 aa  107  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 
122 aa  107  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  46.55 
 
 
122 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  43.88 
 
 
142 aa  106  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 
123 aa  106  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  47.32 
 
 
123 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  41.09 
 
 
139 aa  105  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 
123 aa  104  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  44.63 
 
 
117 aa  104  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  45.16 
 
 
132 aa  104  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 
122 aa  103  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
131 aa  103  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3416  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 
157 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.523215  hitchhiker  0.00061048 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1129  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 
157 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0360009  unclonable  0.00000000000396906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3279  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 
157 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2833  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 
149 aa  103  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3238  ribosome-binding factor A  47.5 
 
 
157 aa  103  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  41.8 
 
 
135 aa  103  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 
116 aa  102  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 
132 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 
116 aa  102  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 
132 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 
132 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 
130 aa  102  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  44.34 
 
 
118 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 
123 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 
123 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  40 
 
 
127 aa  102  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  44.34 
 
 
118 aa  102  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 
132 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 
132 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  47.97 
 
 
125 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 
126 aa  101  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>