More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4560 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4695  multi-sensor signal transduction histidine kinase  99.9 
 
 		 991 aa  2008    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000969954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0965  sensor histidine kinase  89.49 
 
 		 982 aa  1767    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42670  Sensory histidine protein kinase CbrA  78.69 
 
 		 981 aa  1556    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.416099  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0832  PAS  89.21 
 
 		 984 aa  1739    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00253594 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4694  multi-sensor signal transduction histidine kinase  99.09 
 
 		 991 aa  1991    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000630671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4807  two-component sensor kinase CbrA  91.63 
 
 		 982 aa  1783    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0111257 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  82.7 
 
 		 983 aa  1655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 		 985 aa  810    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3374  two-component sensor kinase CbrA  47.15 
 
 		 1000 aa  879    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.694338  normal  0.111505 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0671  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.74 
 
 		 987 aa  959    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3588  two-component sensor kinase CbrA  85.64 
 
 		 984 aa  1697    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.883039 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.42 
 
 		 981 aa  759    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  48.19 
 
 		 986 aa  838    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  46.43 
 
 		 975 aa  837    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  82.29 
 
 		 983 aa  1649    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0738  multi-sensor signal transduction histidine kinase  98.79 
 
 		 991 aa  1989    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000340339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 991 aa  2010    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  hitchhiker  0.0000734254 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 		 1323 aa  308  4.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  27.17 
 
 		 1323 aa  302  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  28.16 
 
 		 1161 aa  290  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 		 1145 aa  286  9e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  31.22 
 
 		 1083 aa  284  5.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  32.89 
 
 		 1039 aa  283  8.000000000000001e-75  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  27.21 
 
 		 950 aa  282  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 1156 aa  280  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.21 
 
 		 1171 aa  278  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 917 aa  277  8e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  27.15 
 
 		 1159 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  27.05 
 
 		 1159 aa  274  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.78 
 
 		 1163 aa  271  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 		 1168 aa  271  5e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.61 
 
 		 1159 aa  271  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 		 1172 aa  271  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 		 1152 aa  270  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 		 1158 aa  270  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 		 1071 aa  270  8e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 		 1159 aa  270  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 		 1159 aa  270  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 920 aa  269  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.15 
 
 		 1168 aa  269  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 		 1175 aa  268  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  25.72 
 
 		 1157 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  27.43 
 
 		 1148 aa  267  5.999999999999999e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  27.46 
 
 		 1174 aa  267  7e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  25.98 
 
 		 1158 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 932 aa  266  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.76 
 
 		 1179 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 893 aa  264  8e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.85 
 
 		 1168 aa  263  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  32.51 
 
 		 935 aa  261  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  32.91 
 
 		 1082 aa  262  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 		 897 aa  262  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  36.62 
 
 		 927 aa  261  4e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 1088 aa  261  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  27.33 
 
 		 1169 aa  261  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.05 
 
 		 1174 aa  261  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  32.7 
 
 		 919 aa  260  7e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  34.7 
 
 		 906 aa  260  8e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  33.6 
 
 		 903 aa  260  8e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 		 894 aa  260  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  30.4 
 
 		 894 aa  260  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02256  Multidomain protein, contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  25.24 
 
 		 1006 aa  259  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.371064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 		 1138 aa  259  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  26.32 
 
 		 1147 aa  257  8e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  35.99 
 
 		 913 aa  254  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 919 aa  254  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.05 
 
 		 1168 aa  254  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 		 1167 aa  254  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  31.55 
 
 		 671 aa  251  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  34.54 
 
 		 1087 aa  249  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 		 1316 aa  248  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  32.42 
 
 		 910 aa  248  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  33.26 
 
 		 1079 aa  247  6.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.67 
 
 		 1172 aa  247  8e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  34.43 
 
 		 1087 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  24.39 
 
 		 1147 aa  246  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 896 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  25.5 
 
 		 1177 aa  240  8e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 885 aa  239  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00597808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.87 
 
 		 1152 aa  238  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  26.28 
 
 		 1169 aa  237  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  35.38 
 
 		 1150 aa  236  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 		 894 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 		 1169 aa  229  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  32.84 
 
 		 1100 aa  228  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 1070 aa  225  3e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.14 
 
 		 1140 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.39 
 
 		 1169 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.41 
 
 		 1161 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 1169 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 945 aa  221  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 		 901 aa  221  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  24.67 
 
 		 1145 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.67 
 
 		 1185 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.92 
 
 		 1170 aa  215  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  25.07 
 
 		 1142 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.05 
 
 		 1146 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  24.87 
 
 		 1055 aa  212  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 		 1069 aa  211  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.05 
 
 		 1146 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>