65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4550 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4550  hypothetical protein  100 
 
 
294 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869359  decreased coverage  0.0000000103556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4686  hypothetical protein  98.3 
 
 
294 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0433823  hitchhiker  0.00020282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4684  hypothetical protein  86.73 
 
 
294 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139338  unclonable  2.48633e-16 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0748  hypothetical protein  75.93 
 
 
295 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345483  decreased coverage  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42580  iron(III) ABC transporter  59.39 
 
 
308 aa  328  7e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000751196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62270  hypothetical protein  55.67 
 
 
295 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118549  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0996  hypothetical protein  58.39 
 
 
294 aa  315  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000003663  unclonable  1.3879200000000002e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5421  hypothetical protein  56.75 
 
 
293 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00114595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4797  hypothetical protein  54.79 
 
 
283 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000115582  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3469  hypothetical protein  48.06 
 
 
284 aa  225  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0118  CjrA  45.53 
 
 
283 aa  207  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0170  TonB-dependent colicin lipoprotein, putative  32.92 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3071  protein of unknown function DUF399  36.05 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2981  hypothetical protein  35.03 
 
 
359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.485349  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1052  chain X  26.01 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0610  hypothetical protein  37.45 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3179  protein of unknown function DUF399  36.05 
 
 
345 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0322303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4787  protein of unknown function DUF399  37.07 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2390  protein of unknown function DUF399  37.86 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0652  hypothetical protein  35.39 
 
 
274 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1999  hypothetical protein  35.29 
 
 
302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000468995 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1104  hypothetical protein  34.02 
 
 
291 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0298  hypothetical protein  36.21 
 
 
293 aa  103  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0441  hypothetical protein  33.47 
 
 
293 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3428  putative lipoprotein  33.46 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243183  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2937  hypothetical protein  30 
 
 
368 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.302758 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3583  hypothetical protein  31.52 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0511  protein of unknown function DUF399  32.16 
 
 
322 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0430  hypothetical protein  33.77 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0421  protein of unknown function DUF399  34.76 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.950596  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1623  hypothetical protein  27.33 
 
 
392 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0483  hypothetical protein  31.78 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2488  protein of unknown function DUF399  27.87 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1083  protein of unknown function DUF399  33.06 
 
 
386 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0707  hypothetical protein  32.5 
 
 
302 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0117  hypothetical protein  27.34 
 
 
376 aa  65.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2732  hypothetical protein  25.86 
 
 
390 aa  65.5  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.196703  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2253  hypothetical protein  30.15 
 
 
275 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.558397  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2977  hypothetical protein  30.77 
 
 
250 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0349  hypothetical protein  25.88 
 
 
282 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148498 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0600  hypothetical protein  31.16 
 
 
275 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1775  hypothetical protein  30.71 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.331054  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1760  protein of unknown function DUF399  31.3 
 
 
262 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0505659  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2382  PDZ/DHR/GLGF  27.72 
 
 
436 aa  63.9  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1114  hypothetical protein  26.04 
 
 
285 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0461  protein of unknown function DUF399  29.41 
 
 
392 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.978142  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0907  protein of unknown function DUF399  27.8 
 
 
426 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0724996  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0135  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  31.67 
 
 
454 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0450111 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3354  protein of unknown function DUF399  29.82 
 
 
426 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.331777 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1357  hypothetical protein  24.9 
 
 
400 aa  60.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.690238  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3139  hypothetical protein  28.29 
 
 
282 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0534  protein of unknown function DUF399  26.67 
 
 
282 aa  59.7  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2756  protein of unknown function DUF399  32.31 
 
 
292 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0548  protein of unknown function DUF399  26.22 
 
 
282 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.79129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1815  protein of unknown function DUF399  26.98 
 
 
280 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0316353 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0457  hypothetical protein  28.25 
 
 
287 aa  52.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4646  protein of unknown function DUF399  31.62 
 
 
400 aa  52.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.342836  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3346  protein of unknown function DUF399  27.57 
 
 
411 aa  52.4  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.655162  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1023  hypothetical protein  27.2 
 
 
269 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1702  protein of unknown function DUF399  27.5 
 
 
411 aa  50.1  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0381555  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0011  hypothetical protein  22.84 
 
 
345 aa  46.2  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.113943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3472  hypothetical protein  26.67 
 
 
310 aa  45.8  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1587  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  26.17 
 
 
395 aa  43.9  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1409  hypothetical protein  24.02 
 
 
285 aa  44.3  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776677 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6096  protein of unknown function DUF399  25.57 
 
 
297 aa  42.4  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.939733  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>