129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4548 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4684  hypothetical protein  98.41 
 
 
502 aa  1018    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0278201  hitchhiker  0.000250166 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0976  hypothetical protein  74.23 
 
 
512 aa  809    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0180634  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0841  hypothetical protein  73.9 
 
 
556 aa  804    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000255062  decreased coverage  0.0000936176 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4308  hypothetical protein  76.6 
 
 
518 aa  810    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4793  hypothetical protein  78.08 
 
 
518 aa  845    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600328  unclonable  0.0000272859 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62230  hypothetical protein  74.42 
 
 
520 aa  809    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.051332  normal  0.186531 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42570  hypothetical protein  67.37 
 
 
533 aa  721    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0138648  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1001  hypothetical protein  74.43 
 
 
551 aa  808    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0358581  hitchhiker  1.18173e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4548  hypothetical protein  100 
 
 
533 aa  1097    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00671326  decreased coverage  0.0000000171948 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5417  hypothetical protein  74.23 
 
 
520 aa  803    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.474909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4682  hypothetical protein  91.35 
 
 
520 aa  989    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000555746  hitchhiker  0.000000000000343402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0750  hypothetical protein  88.85 
 
 
520 aa  962    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000461346  decreased coverage  0.00000000000202029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0678  hypothetical protein  50.1 
 
 
526 aa  513  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.986431  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0379  hypothetical protein  43.8 
 
 
527 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1458  hypothetical protein  46.99 
 
 
509 aa  422  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1406  hypothetical protein  45.13 
 
 
520 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.345988  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0912  hypothetical protein  44.04 
 
 
544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1197  hypothetical protein  41 
 
 
530 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.636152  normal  0.688701 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2379  hypothetical protein  45.62 
 
 
509 aa  403  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0203614  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3305  hypothetical protein  43.08 
 
 
537 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0802  hypothetical protein  41.94 
 
 
520 aa  394  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0913  hypothetical protein  38.72 
 
 
516 aa  389  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1206  hypothetical protein  43.09 
 
 
513 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.128112 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0651  aminoglycoside phosphotransferase  44.08 
 
 
509 aa  381  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1190  hypothetical protein  38.95 
 
 
518 aa  378  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1725  hypothetical protein  41.08 
 
 
508 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3574  hypothetical protein  39.68 
 
 
504 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.662023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0492  hypothetical protein  41.95 
 
 
535 aa  360  5e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0861  hypothetical protein  38.28 
 
 
532 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00795594  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1782  hypothetical protein  40.99 
 
 
506 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.632003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1195  hypothetical protein  43.19 
 
 
482 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1571  hypothetical protein  37.87 
 
 
540 aa  355  1e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2056  hypothetical protein  40.08 
 
 
510 aa  352  7e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.593544 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1271  hypothetical protein  38.93 
 
 
516 aa  346  6e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3522  adenylylsulfate kinase  38.84 
 
 
508 aa  339  5.9999999999999996e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1244  hypothetical protein  39.43 
 
 
522 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5125  hypothetical protein  40.67 
 
 
497 aa  338  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.864315  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0634  hypothetical protein  40.08 
 
 
498 aa  333  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3456  hypothetical protein  41.72 
 
 
523 aa  332  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418547  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2783  hypothetical protein  41.3 
 
 
523 aa  331  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.633184  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2808  hypothetical protein  38.34 
 
 
513 aa  327  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1298  hypothetical protein  40.21 
 
 
520 aa  327  3e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3292  hypothetical protein  38.34 
 
 
513 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.234842  normal  0.360445 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2066  hypothetical protein  40.85 
 
 
514 aa  326  7e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.695789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2646  uncharacterized protein-like protein  40 
 
 
518 aa  319  7e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00596928  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1230  hypothetical protein  38.66 
 
 
504 aa  312  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.022585  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4549  hypothetical protein  37.69 
 
 
516 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.954799  normal  0.0134652 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4416  hypothetical protein  37.69 
 
 
516 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768574  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1232  hypothetical protein  35.99 
 
 
525 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.100547 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2657  hypothetical protein  37.25 
 
 
519 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000160126  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1588  aminoglycoside phosphotransferase  38.95 
 
 
518 aa  306  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.062948 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2780  hypothetical protein  38.08 
 
 
523 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.281623 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_455  hypothetical protein  36.53 
 
 
520 aa  300  5e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000133416  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0514  hypothetical protein  36.33 
 
 
520 aa  299  7e-80  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0345862  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1115  hypothetical protein  35.96 
 
 
579 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.136038  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13151  hypothetical protein  35.51 
 
 
556 aa  296  4e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.309836 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2047  hypothetical protein  34.72 
 
 
520 aa  295  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00434824  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0490  hypothetical protein  35.92 
 
 
520 aa  294  2e-78  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.180685  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2628  hypothetical protein  38.56 
 
 
517 aa  291  3e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1431  hypothetical protein  36.25 
 
 
527 aa  290  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.882787  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1868  hypothetical protein  37.38 
 
 
549 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299085  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0148  hypothetical protein  38.75 
 
 
514 aa  281  2e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.79926 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2165  aminoglycoside phosphotransferase  37.58 
 
 
518 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.20279  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1873  hypothetical protein  36.24 
 
 
521 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.00595e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2314  hypothetical protein  36.02 
 
 
613 aa  263  8e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1424  hypothetical protein  35.24 
 
 
569 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3211  hypothetical protein  35.31 
 
 
603 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5918  hypothetical protein  37.72 
 
 
536 aa  259  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223446  normal  0.571754 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2028  hypothetical protein  35.04 
 
 
600 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1052  hypothetical protein  35.04 
 
 
600 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1338  hypothetical protein  35.04 
 
 
600 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2318  hypothetical protein  35.04 
 
 
600 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469586  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3085  hypothetical protein  35.31 
 
 
603 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4101  hypothetical protein  34.17 
 
 
529 aa  249  7e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.293917 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1369  hypothetical protein  35.4 
 
 
547 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0792  hypothetical protein  33.8 
 
 
528 aa  232  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.346746 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1222  hypothetical protein  33.59 
 
 
525 aa  231  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484175  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0668  hypothetical protein  33.46 
 
 
544 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.854444 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6183  hypothetical protein  35.56 
 
 
514 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  0.433204 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4721  hypothetical protein  34.18 
 
 
519 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.358451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1349  hypothetical protein  36.64 
 
 
521 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4047  hypothetical protein  33.77 
 
 
526 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.237674  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8077  aminoglycoside phosphotransferase  35.89 
 
 
526 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0981512  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6171  aminoglycoside phosphotransferase  36.17 
 
 
524 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5756  hypothetical protein  34.87 
 
 
518 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1915  hypothetical protein  30.98 
 
 
526 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294472  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4837  gluconate kinase  31.82 
 
 
533 aa  213  9e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2613  hypothetical protein  33.06 
 
 
512 aa  209  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.209456  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0661  aminoglycoside phosphotransferase  33.12 
 
 
515 aa  206  8e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0314986 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2122  hypothetical protein  32.72 
 
 
505 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0470  hypothetical protein  32.51 
 
 
505 aa  196  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2392  kinase-like protein  34.19 
 
 
505 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42432  normal  0.238047 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2811  hypothetical protein  33.87 
 
 
533 aa  191  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00343166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1313  hypothetical protein  32.73 
 
 
499 aa  191  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.355493  normal  0.457249 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2266  hypothetical protein  36.96 
 
 
338 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.157441  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6932  hypothetical protein  31.01 
 
 
523 aa  180  4.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.381566 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0423  conserved hypothetical gluconokinase  33.33 
 
 
325 aa  180  5.999999999999999e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2603  hypothetical protein  31.69 
 
 
542 aa  180  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28783  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0263  hypothetical protein  30.66 
 
 
490 aa  179  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.168433  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2221  hypothetical protein  32.15 
 
 
520 aa  173  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>