More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4461 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  98.41 
 
 		 315 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  94.6 
 
 		 315 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  86.17 
 
 		 322 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  86.27 
 
 		 332 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1216  transcriptional regulator, LysR family  85.62 
 
 		 315 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  73.86 
 
 		 317 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  73.86 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  67.43 
 
 		 312 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 312 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  65.47 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 313 aa  427  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 334 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  65.36 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  65.36 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  64.82 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  64.72 
 
 		 313 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  64.63 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  67.65 
 
 		 314 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  67.32 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  62.99 
 
 		 323 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  56.21 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 336 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 331 aa  364  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 336 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 315 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 315 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 315 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 313 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 316 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 316 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  54 
 
 		 315 aa  352  4e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 315 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 316 aa  352  7e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 313 aa  352  7e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 332 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  53.67 
 
 		 315 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 315 aa  348  5e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 313 aa  348  9e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 317 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 312 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 323 aa  326  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 430 aa  326  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  52.6 
 
 		 355 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  51.3 
 
 		 431 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 322 aa  325  6e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 322 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 322 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 308 aa  322  5e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 322 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 318 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 329 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 329 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 312 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 		 311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 327 aa  299  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 310 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 310 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2804  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2931  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 328 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 315 aa  238  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 324 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 353 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5702  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0313513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.52 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 367 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 367 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>