More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4342 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
130 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
130 aa  270  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  98.46 
 
 
130 aa  268  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  97.69 
 
 
132 aa  267  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  89.23 
 
 
133 aa  248  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  92.19 
 
 
130 aa  246  9e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  89.92 
 
 
130 aa  244  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  87.69 
 
 
133 aa  244  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  85.94 
 
 
132 aa  234  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  85.16 
 
 
132 aa  233  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  72.36 
 
 
392 aa  197  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
128 aa  193  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
129 aa  193  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
129 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
129 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  65.62 
 
 
131 aa  192  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  192  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  192  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
128 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
128 aa  191  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.62 
 
 
132 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
128 aa  191  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  69.11 
 
 
129 aa  191  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  71.67 
 
 
396 aa  190  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  66.67 
 
 
128 aa  189  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 
132 aa  188  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.85 
 
 
131 aa  184  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  65.85 
 
 
130 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  59.83 
 
 
373 aa  163  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02910  4-carboxymuconolactone decarboxylase  60 
 
 
137 aa  158  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.65 
 
 
402 aa  152  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  58.93 
 
 
128 aa  149  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  55.56 
 
 
390 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  53.66 
 
 
393 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  55.28 
 
 
391 aa  144  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
125 aa  144  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.24 
 
 
154 aa  141  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.39 
 
 
161 aa  140  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.17 
 
 
393 aa  140  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0618  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.84 
 
 
400 aa  140  7e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
393 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
393 aa  138  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
393 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
393 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  56.48 
 
 
129 aa  138  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
393 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.58 
 
 
134 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 
123 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
126 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
126 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.97 
 
 
134 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.63 
 
 
132 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.59 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.26 
 
 
133 aa  131  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.26 
 
 
134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
126 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
135 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.42 
 
 
134 aa  130  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  55.74 
 
 
397 aa  130  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  43.55 
 
 
129 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.22 
 
 
134 aa  128  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 
138 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 
138 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.22 
 
 
134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.38 
 
 
134 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2083  3-oxoadipate enol-lactonase  49.58 
 
 
393 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603861  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3853  3-oxoadipate enol-lactonase  51.67 
 
 
396 aa  126  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126877  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2692  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.93 
 
 
133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00273056  normal  0.231258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  51.67 
 
 
122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.43 
 
 
127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.57 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.43 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  44.8 
 
 
126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.56 
 
 
137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3323  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.39 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4655  3-oxoadipate enol-lactonase  50 
 
 
393 aa  124  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 
129 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 
129 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
128 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1070  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  52.1 
 
 
397 aa  123  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0857204 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  48.31 
 
 
157 aa  123  9e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
135 aa  123  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
125 aa  123  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 
129 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  43.7 
 
 
128 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0976  putative gamma carboxymuconolactone decarboxylase  46.15 
 
 
131 aa  123  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.602862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  42.62 
 
 
129 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.7 
 
 
128 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2388  3-oxoadipate enol-lactonase  51.69 
 
 
386 aa  122  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
126 aa  120  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  44.55 
 
 
126 aa  120  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6127  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 
136 aa  120  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1856  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.74 
 
 
138 aa  120  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.177717  normal  0.121417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  49.56 
 
 
124 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>