More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4320 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  63.36 
 
 		 765 aa  981    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  48.85 
 
 		 751 aa  726    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  99.48 
 
 		 763 aa  1555    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  69.92 
 
 		 765 aa  1112    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  61.14 
 
 		 769 aa  959    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  62.58 
 
 		 764 aa  978    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  70.37 
 
 		 753 aa  1108    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  61.69 
 
 		 765 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  75.75 
 
 		 763 aa  1212    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  60.52 
 
 		 765 aa  951    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  62.11 
 
 		 755 aa  968    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  62.13 
 
 		 768 aa  956    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  68.3 
 
 		 774 aa  1071    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  47.33 
 
 		 772 aa  662    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  61.74 
 
 		 768 aa  958    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  60.52 
 
 		 765 aa  954    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  63.75 
 
 		 764 aa  998    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  62.11 
 
 		 755 aa  968    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  60.7 
 
 		 769 aa  952    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  60.65 
 
 		 765 aa  955    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  95.24 
 
 		 763 aa  1451    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  62.11 
 
 		 755 aa  969    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  59.74 
 
 		 772 aa  945    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  64.74 
 
 		 768 aa  1028    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  45.63 
 
 		 743 aa  641    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  50.2 
 
 		 766 aa  741    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  48.32 
 
 		 766 aa  706    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  60.65 
 
 		 765 aa  955    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  98.3 
 
 		 763 aa  1540    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  100 
 
 		 763 aa  1560    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  61.97 
 
 		 755 aa  966    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  44.25 
 
 		 738 aa  622  1e-177  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.18 
 
 		 752 aa  599  1e-170  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.63 
 
 		 804 aa  595  1e-168  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.53 
 
 		 754 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  43.2 
 
 		 721 aa  572  1.0000000000000001e-162  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.53 
 
 		 751 aa  555  1e-156  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  43.62 
 
 		 723 aa  555  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.72 
 
 		 759 aa  551  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  42.41 
 
 		 759 aa  546  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.21 
 
 		 733 aa  542  1e-153  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  38.79 
 
 		 743 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  39.63 
 
 		 745 aa  540  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  40.72 
 
 		 765 aa  539  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  42.97 
 
 		 763 aa  537  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.76 
 
 		 724 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  37.18 
 
 		 740 aa  533  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  42.42 
 
 		 739 aa  529  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  39.36 
 
 		 760 aa  530  1e-149  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  40 
 
 		 743 aa  526  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  41.03 
 
 		 751 aa  528  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  42.28 
 
 		 740 aa  528  1e-148  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  40.91 
 
 		 764 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  39.15 
 
 		 750 aa  516  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.43 
 
 		 702 aa  506  9.999999999999999e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  38.01 
 
 		 727 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  38.01 
 
 		 727 aa  495  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  39.32 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.9 
 
 		 762 aa  476  1e-133  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.61 
 
 		 733 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.68 
 
 		 714 aa  479  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40 
 
 		 713 aa  475  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  39.51 
 
 		 716 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.07 
 
 		 742 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.59 
 
 		 807 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  37.72 
 
 		 808 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.38 
 
 		 743 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  38.63 
 
 		 743 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.78 
 
 		 723 aa  440  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  34.64 
 
 		 805 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.22 
 
 		 756 aa  436  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.71 
 
 		 727 aa  435  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  34.64 
 
 		 778 aa  427  1e-118  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  34.94 
 
 		 778 aa  428  1e-118  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  35.24 
 
 		 777 aa  425  1e-117  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  34.86 
 
 		 772 aa  422  1e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  33.98 
 
 		 790 aa  419  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.25 
 
 		 782 aa  412  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  35.04 
 
 		 739 aa  416  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0794  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.59 
 
 		 801 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  32.15 
 
 		 759 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.02 
 
 		 771 aa  404  1e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  33.73 
 
 		 765 aa  404  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  34.58 
 
 		 787 aa  401  9.999999999999999e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.06 
 
 		 792 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.93 
 
 		 762 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2280  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.76 
 
 		 799 aa  396  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208598 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4104  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.83 
 
 		 738 aa  397  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.28211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.46 
 
 		 760 aa  397  1e-109  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.77 
 
 		 749 aa  395  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  34.21 
 
 		 737 aa  393  1e-108  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  32.61 
 
 		 750 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  34.8 
 
 		 859 aa  388  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  32.05 
 
 		 758 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.03 
 
 		 784 aa  382  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>