76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4318 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4318  hypothetical protein  100 
 
 
404 aa  832    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.234273  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4406  hypothetical protein  96.29 
 
 
404 aa  801    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1046  hypothetical protein  92.08 
 
 
409 aa  766    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4286  hypothetical protein  69 
 
 
406 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3988  hypothetical protein  68.41 
 
 
406 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1301  hypothetical protein  67.43 
 
 
410 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3377  hypothetical protein  62.5 
 
 
399 aa  502  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3894  hypothetical protein  62.76 
 
 
399 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0440  hypothetical protein  62.76 
 
 
399 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4017  hypothetical protein  62.76 
 
 
399 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3821  hypothetical protein  62.76 
 
 
401 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1010  hypothetical protein  60.41 
 
 
420 aa  489  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.75207  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3246  hypothetical protein  55.72 
 
 
444 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0143918  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2392  hypothetical protein  55.45 
 
 
423 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0414  SAM-dependent methyltransferase  40.51 
 
 
394 aa  288  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.675076  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3286  SAM-dependent methyltransferase  37.99 
 
 
378 aa  278  9e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0632  hypothetical protein  37.22 
 
 
404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.95994 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3564  hypothetical protein  39.66 
 
 
413 aa  266  5.999999999999999e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0616674  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2883  hypothetical protein  33.33 
 
 
400 aa  197  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3723  hypothetical protein  31.03 
 
 
411 aa  192  7e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0312  hypothetical protein  35.91 
 
 
388 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0938935  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46056  predicted protein  35.62 
 
 
612 aa  186  8e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.268711  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1304  hypothetical protein  29.37 
 
 
388 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00427648  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1122  hypothetical protein  29.11 
 
 
388 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.003942  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3589  hypothetical protein  32.39 
 
 
401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.2704 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0216  hypothetical protein  29.34 
 
 
411 aa  167  4e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.380044  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0726  hypothetical protein  30.03 
 
 
407 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3162  SAM dependent methyltransferase  32.58 
 
 
389 aa  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2170  SAM dependent methyltransferase  34.02 
 
 
389 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000185773  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5884  hypothetical protein  30.77 
 
 
376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0449  hypothetical protein  31.58 
 
 
392 aa  133  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.114768  decreased coverage  0.00000434601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0378  hypothetical protein  31.71 
 
 
401 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87131  predicted protein  28.91 
 
 
453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00012796  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0625  hypothetical protein  32.57 
 
 
316 aa  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.629382  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1150  hypothetical protein  33.33 
 
 
294 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3984  hypothetical protein  33.58 
 
 
280 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2456  hypothetical protein  30.13 
 
 
277 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0707  hypothetical protein  30.18 
 
 
309 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4096  hypothetical protein  33.58 
 
 
283 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1006  hypothetical protein  31.54 
 
 
320 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.945095  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1797  hypothetical protein  30 
 
 
273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.534561 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4127  hypothetical protein  33.21 
 
 
283 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3581  hypothetical protein  30.19 
 
 
323 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3605  hypothetical protein  30.99 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2734  hypothetical protein  28.85 
 
 
276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3630  hypothetical protein  30.99 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3167  hypothetical protein  30.99 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1733  hypothetical protein  30.99 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0033  hypothetical protein  30.99 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3617  hypothetical protein  30.99 
 
 
300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2810  hypothetical protein  30.99 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0402  hypothetical protein  29.63 
 
 
303 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5571  hypothetical protein  31.03 
 
 
290 aa  109  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1388  hypothetical protein  29.17 
 
 
316 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.580815  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0428  hypothetical protein  29.63 
 
 
303 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.502179 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0871  hypothetical protein  30.13 
 
 
285 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0215269  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0470  hypothetical protein  29.63 
 
 
296 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2930  hypothetical protein  32.34 
 
 
286 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.778449  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0682  hypothetical protein  31.47 
 
 
294 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.189745  normal  0.58708 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3585  hypothetical protein  29.26 
 
 
295 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0532  hypothetical protein  33.05 
 
 
307 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2608  hypothetical protein  28.89 
 
 
296 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485441  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0497  hypothetical protein  28.89 
 
 
296 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2942  hypothetical protein  29.69 
 
 
298 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2900  hypothetical protein  30.13 
 
 
296 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320076  normal  0.896409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4678  hypothetical protein  28.98 
 
 
278 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3601  hypothetical protein  28.98 
 
 
278 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11991  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3157  hypothetical protein  29.5 
 
 
278 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3560  hypothetical protein  29.74 
 
 
277 aa  102  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.215657  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3535  hypothetical protein  28.81 
 
 
280 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0781618  normal  0.194913 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0423  hypothetical protein  28.94 
 
 
280 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0436  hypothetical protein  31.64 
 
 
277 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1208  hypothetical protein  27.27 
 
 
273 aa  96.7  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1368  hypothetical protein  28.95 
 
 
468 aa  53.1  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1876  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  29.63 
 
 
282 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183068  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2022  hypothetical protein  29.47 
 
 
261 aa  42.7  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.891913  normal  0.0390381 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>