238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4308 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 
230 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  99.13 
 
 
230 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  96.52 
 
 
230 aa  465  1e-130  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  93.91 
 
 
230 aa  450  1e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  81.74 
 
 
231 aa  401  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  83.04 
 
 
230 aa  397  1e-110  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  82.61 
 
 
230 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  80.62 
 
 
229 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  77.92 
 
 
231 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  77.92 
 
 
231 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  74.22 
 
 
232 aa  355  3e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  61.33 
 
 
235 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  60.62 
 
 
233 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  60.89 
 
 
241 aa  288  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  61.4 
 
 
261 aa  287  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  65.71 
 
 
218 aa  287  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  58.7 
 
 
241 aa  286  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  62.96 
 
 
243 aa  285  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  61.26 
 
 
233 aa  283  2e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  59.01 
 
 
223 aa  282  3e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  58.7 
 
 
231 aa  281  5e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  62.5 
 
 
228 aa  273  2e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  57.27 
 
 
229 aa  273  2e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  61.99 
 
 
229 aa  273  2e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  62.5 
 
 
228 aa  271  5e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  58.45 
 
 
226 aa  270  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  55.7 
 
 
253 aa  270  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  55.7 
 
 
253 aa  269  3e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  60.37 
 
 
221 aa  268  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  58.04 
 
 
240 aa  268  7e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21985e-05  hitchhiker  1.31635e-09 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  58.6 
 
 
226 aa  266  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  61.36 
 
 
227 aa  266  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  7.21221e-06  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  60.19 
 
 
228 aa  266  3e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3670  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 
237 aa  263  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.769625  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 
228 aa  262  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  59.36 
 
 
224 aa  261  5e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  3.1363e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  56.68 
 
 
222 aa  260  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  56.82 
 
 
221 aa  260  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  57.99 
 
 
226 aa  261  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  56.7 
 
 
269 aa  259  2e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  5.1966e-11  hitchhiker  5.89305e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  57.8 
 
 
223 aa  258  4e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  56.48 
 
 
225 aa  258  4e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  56.02 
 
 
222 aa  258  7e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  54.22 
 
 
222 aa  256  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  58.6 
 
 
229 aa  256  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  58.9 
 
 
229 aa  256  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  57.6 
 
 
229 aa  256  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  57.6 
 
 
229 aa  256  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  56.31 
 
 
225 aa  255  4e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  54.84 
 
 
222 aa  255  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  54.95 
 
 
225 aa  254  8e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
229 aa  253  1e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
229 aa  253  1e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0246  uracil-DNA glycosylase  52.49 
 
 
221 aa  254  1e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
229 aa  253  1e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.00069e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
229 aa  253  1e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
229 aa  253  2e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  56.02 
 
 
225 aa  253  2e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  56.11 
 
 
229 aa  252  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  52.97 
 
 
221 aa  252  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
229 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
229 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
229 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
229 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  56.68 
 
 
229 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  56.68 
 
 
229 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  54.84 
 
 
222 aa  250  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  54.63 
 
 
221 aa  250  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  54.55 
 
 
224 aa  249  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  57.08 
 
 
223 aa  249  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  249  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  249  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2378  uracil-DNA glycosylase  58.41 
 
 
234 aa  248  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155716  normal  0.0973542 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0362  uracil-DNA glycosylase  56.19 
 
 
232 aa  248  4e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0490386  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  248  7e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0009  uracil-DNA glycosylase  55.45 
 
 
224 aa  248  8e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  54.79 
 
 
225 aa  248  8e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2033  uracil-DNA glycosylase  52.94 
 
 
221 aa  247  9e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  52.51 
 
 
221 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  53.64 
 
 
220 aa  247  1e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2912  uracil-DNA glycosylase  55 
 
 
221 aa  247  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0496469  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 
222 aa  247  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  52.51 
 
 
221 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  53.39 
 
 
223 aa  245  3e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
221 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 
225 aa  246  3e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0613  uracil-DNA glycosylase  54.63 
 
 
222 aa  246  3e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 
225 aa  245  4e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4288  uracil-DNA glycosylase  54.3 
 
 
225 aa  245  5e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1676  uracil-DNA glycosylase  54.22 
 
 
245 aa  244  6e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0536187  normal  0.595891 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  54.05 
 
 
225 aa  244  7e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  54.05 
 
 
225 aa  244  8e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  57.67 
 
 
228 aa  244  1e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 
247 aa  243  1e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0126  uracil-DNA glycosylase  52.02 
 
 
229 aa  243  2e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.560482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3595  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 
228 aa  243  2e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
218 aa  243  2e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0347  uracil-DNA glycosylase  52.47 
 
 
235 aa  242  3e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>