More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4303 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  99.69 
 
 		 326 aa  663    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  99.39 
 
 		 326 aa  662    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  664    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  98.16 
 
 		 326 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  91.1 
 
 		 325 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  89.57 
 
 		 325 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  89.26 
 
 		 325 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4766  hypothetical protein  89.4 
 
 		 326 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137729  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54540  hypothetical protein  89.4 
 
 		 327 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000174239  normal  0.0908275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49460  tripartite tricarboxylate transporter periplasmic receptor protein  77.7 
 
 		 327 aa  499  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0378673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  66.56 
 
 		 325 aa  461  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05850  hypothetical protein  65 
 
 		 325 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49490  Uncharacterized protein family UPF0065  66.89 
 
 		 325 aa  444  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00178438  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2581  hypothetical protein  62.38 
 
 		 323 aa  430  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  63.81 
 
 		 325 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  60.57 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  60.88 
 
 		 325 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  60.88 
 
 		 325 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  60.57 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  60.57 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  62.09 
 
 		 326 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  61.13 
 
 		 326 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  59.8 
 
 		 346 aa  387  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  57.76 
 
 		 321 aa  379  1e-104  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0902  tricarboxylic transport  52.16 
 
 		 325 aa  347  1e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.897753  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4433  hypothetical protein  50.78 
 
 		 325 aa  332  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  51.49 
 
 		 329 aa  326  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  47.64 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3933  extra-cytoplasmic solute receptor  47.24 
 
 		 311 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3334  hypothetical protein  49.66 
 
 		 339 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  43.19 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3804  hypothetical protein  40.47 
 
 		 349 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115718  normal  0.430416 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  42.39 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  39.55 
 
 		 334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  39.32 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  38.41 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  33.64 
 
 		 331 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  36.45 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  33.66 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  35.52 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  33.85 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  33.85 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  33.33 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  31.89 
 
 		 315 aa  144  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  32.93 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  32.99 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  32.99 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  32.44 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  31.49 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  33.78 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  32.13 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  29.91 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  33.11 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  31.38 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  33.1 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  30.46 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  34.21 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  30.77 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  32.24 
 
 		 325 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  29.87 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  31.16 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  29.39 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  29.55 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  29.13 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  29.51 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0813  hypothetical protein  28.34 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  30.43 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1006  tricarboxylate-binding protein  28.01 
 
 		 322 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0967  tricarboxylate-binding protein  28.06 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0839  hypothetical protein  28.15 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00353012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  30.99 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  30.1 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1091  putative lipoprotein  28.01 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  30.41 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  28.87 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  29.57 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  30.54 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  30.36 
 
 		 328 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1011  putative lipoprotein  26.77 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.9236  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  30 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  29.05 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  29.55 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  27.39 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0871  putative lipoprotein  27.93 
 
 		 348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  32.56 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  36.32 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  26.91 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0925  putative lipoprotein  27.93 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  28.81 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  27.83 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  27.42 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  28.4 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  31.23 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  27.38 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  29.97 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  29.87 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  27.38 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  29.87 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  27.38 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  27.92 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.484921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>