More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4253 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 298 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 298 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  98.32 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  94.3 
 
 		 298 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  87.92 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  85.23 
 
 		 298 aa  530  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  84.9 
 
 		 298 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  78.86 
 
 		 298 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  78.52 
 
 		 298 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  78.19 
 
 		 298 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  77.18 
 
 		 298 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.55 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.55 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.41 
 
 		 298 aa  368  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.55 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.83 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  62.33 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.6 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.26 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.26 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.26 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.26 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.92 
 
 		 298 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  61.99 
 
 		 303 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.73 
 
 		 299 aa  362  3e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  62.54 
 
 		 299 aa  362  4e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  64.26 
 
 		 298 aa  361  8e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  61.87 
 
 		 299 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  61.99 
 
 		 305 aa  361  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  61.82 
 
 		 301 aa  360  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  63.21 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  59.73 
 
 		 298 aa  360  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  60.34 
 
 		 302 aa  358  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  60.27 
 
 		 300 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.05 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  60.62 
 
 		 304 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 309 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  59.93 
 
 		 300 aa  352  5e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  60.62 
 
 		 300 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  59.93 
 
 		 300 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  59.93 
 
 		 300 aa  351  7e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  59.32 
 
 		 305 aa  351  7e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  58.98 
 
 		 305 aa  351  8.999999999999999e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  62.2 
 
 		 308 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  59.66 
 
 		 300 aa  350  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  61.82 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  62.07 
 
 		 304 aa  350  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 309 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 300 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  61.99 
 
 		 308 aa  348  9e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  58.7 
 
 		 300 aa  347  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  60.68 
 
 		 297 aa  345  4e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  57.91 
 
 		 301 aa  345  5e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  58.59 
 
 		 303 aa  341  9e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  59.86 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  61.59 
 
 		 295 aa  334  1e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  58.76 
 
 		 311 aa  332  6e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  58.11 
 
 		 296 aa  332  6e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  55.85 
 
 		 308 aa  327  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 311 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  58.56 
 
 		 309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.42 
 
 		 318 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.42 
 
 		 318 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.42 
 
 		 318 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  57.73 
 
 		 321 aa  325  6e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.08 
 
 		 316 aa  322  5e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  57.19 
 
 		 277 aa  321  7e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.73 
 
 		 311 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  57.77 
 
 		 309 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.73 
 
 		 322 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  57.05 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.39 
 
 		 322 aa  318  5e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  62.3 
 
 		 254 aa  318  9e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.73 
 
 		 333 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.7 
 
 		 316 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 305 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 333 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 305 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 333 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 333 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 329 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 305 aa  314  9e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.51 
 
 		 315 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  54.61 
 
 		 300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  55.03 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  55.03 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  56.7 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.25 
 
 		 302 aa  305  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  56.08 
 
 		 302 aa  305  8.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.67 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  54.08 
 
 		 300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.36 
 
 		 305 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  53.4 
 
 		 306 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>