More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4169 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  97.19 
 
 		 427 aa  798    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  84.07 
 
 		 427 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 427 aa  847    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  75.64 
 
 		 426 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  61.54 
 
 		 445 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.51 
 
 		 440 aa  477  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  62.76 
 
 		 442 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  59.72 
 
 		 455 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  59.07 
 
 		 442 aa  458  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.19 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  58.31 
 
 		 439 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.98 
 
 		 449 aa  273  5.000000000000001e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  38.98 
 
 		 449 aa  272  7e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  41.65 
 
 		 429 aa  260  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.89 
 
 		 419 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.41 
 
 		 439 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 		 430 aa  240  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 		 430 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 		 430 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 		 430 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.39 
 
 		 430 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.9 
 
 		 432 aa  236  8e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.9 
 
 		 432 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.9 
 
 		 432 aa  234  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.15 
 
 		 432 aa  232  9e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.4 
 
 		 432 aa  231  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.82 
 
 		 431 aa  230  3e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.6 
 
 		 431 aa  230  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  36.07 
 
 		 431 aa  229  9e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.15 
 
 		 432 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  38.15 
 
 		 432 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.4 
 
 		 432 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.01 
 
 		 436 aa  225  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.59 
 
 		 460 aa  222  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.35 
 
 		 460 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.06 
 
 		 451 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.04 
 
 		 430 aa  219  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.04 
 
 		 426 aa  217  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.85 
 
 		 442 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  32.35 
 
 		 427 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.78 
 
 		 445 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.96 
 
 		 443 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  42.16 
 
 		 434 aa  210  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.61 
 
 		 486 aa  208  1e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.5 
 
 		 445 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.48 
 
 		 436 aa  206  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.09 
 
 		 462 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.47 
 
 		 442 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.75 
 
 		 440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  35.53 
 
 		 472 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.43 
 
 		 425 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.07 
 
 		 425 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.07 
 
 		 476 aa  193  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  32.49 
 
 		 448 aa  193  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 		 448 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.14 
 
 		 474 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.65 
 
 		 442 aa  187  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38 
 
 		 436 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.88 
 
 		 439 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.85 
 
 		 438 aa  182  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.32 
 
 		 440 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.19 
 
 		 435 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  32.5 
 
 		 420 aa  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  34.39 
 
 		 497 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  41.16 
 
 		 435 aa  177  3e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.66 
 
 		 319 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.64 
 
 		 472 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.65 
 
 		 326 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.79 
 
 		 487 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.66 
 
 		 465 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.46 
 
 		 460 aa  172  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  31.06 
 
 		 441 aa  172  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  39.55 
 
 		 445 aa  172  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.52 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.72 
 
 		 464 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.72 
 
 		 464 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.22 
 
 		 418 aa  169  8e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.32 
 
 		 494 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.6 
 
 		 496 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.33 
 
 		 464 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.6 
 
 		 491 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.74 
 
 		 465 aa  167  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 476 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  39.58 
 
 		 462 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  49.3 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.1 
 
 		 469 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.52 
 
 		 491 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 		 468 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  32.54 
 
 		 464 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.73 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.51 
 
 		 472 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.88 
 
 		 473 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.91 
 
 		 465 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  36.74 
 
 		 484 aa  161  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.27 
 
 		 465 aa  161  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.73 
 
 		 470 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.23 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.34 
 
 		 476 aa  156  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.02 
 
 		 494 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.31 
 
 		 308 aa  153  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.457595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>