More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4136 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  100 
 
 		 165 aa  342  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  76.54 
 
 		 162 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  92.56 
 
 		 183 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5049  single-stranded DNA-binding protein  70.93 
 
 		 172 aa  229  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274707  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  77.33 
 
 		 189 aa  226  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0485  single-stranded DNA-binding protein  98.2 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0514  single-stranded DNA-binding protein  98.2 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0518  single-stranded DNA-binding protein  98.2 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  90.43 
 
 		 183 aa  220  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  60.48 
 
 		 167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  63.03 
 
 		 165 aa  194  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  63.03 
 
 		 165 aa  194  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  58.43 
 
 		 168 aa  188  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  59.3 
 
 		 181 aa  188  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  56.5 
 
 		 182 aa  184  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  55.49 
 
 		 175 aa  178  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  53.76 
 
 		 175 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  56.5 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  58.44 
 
 		 150 aa  177  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  54.29 
 
 		 176 aa  176  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  56.47 
 
 		 171 aa  176  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  61.22 
 
 		 234 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  61.22 
 
 		 234 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  61.22 
 
 		 234 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  54.34 
 
 		 175 aa  176  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  68.29 
 
 		 231 aa  176  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  62.5 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  53.89 
 
 		 180 aa  175  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  56.02 
 
 		 165 aa  175  3e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  60.54 
 
 		 236 aa  174  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  52.54 
 
 		 178 aa  174  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  62.59 
 
 		 238 aa  173  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  67.54 
 
 		 201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  53.33 
 
 		 181 aa  171  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  70.27 
 
 		 182 aa  170  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  69.83 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  70.27 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  72.07 
 
 		 234 aa  167  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  68.7 
 
 		 174 aa  168  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  69.37 
 
 		 180 aa  167  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  55.41 
 
 		 154 aa  167  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  53.45 
 
 		 176 aa  166  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  69.37 
 
 		 236 aa  166  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  62.81 
 
 		 178 aa  164  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  69.37 
 
 		 235 aa  164  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  69.37 
 
 		 236 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  53.37 
 
 		 168 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  55.06 
 
 		 155 aa  160  9e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  50.31 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  54.02 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  54.02 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  54.02 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  54.02 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  63.48 
 
 		 183 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  54.02 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  62.28 
 
 		 161 aa  158  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  62.28 
 
 		 161 aa  158  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  51.55 
 
 		 158 aa  158  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  51.23 
 
 		 159 aa  157  6e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  50.62 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  50 
 
 		 151 aa  156  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  47.75 
 
 		 175 aa  156  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  49.14 
 
 		 175 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  51.2 
 
 		 160 aa  155  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  63.39 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  50 
 
 		 151 aa  153  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 200 aa  153  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  48.17 
 
 		 163 aa  153  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  49.35 
 
 		 152 aa  153  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  50.63 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  51.61 
 
 		 149 aa  150  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 196 aa  149  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  60.36 
 
 		 130 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  50.65 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  60 
 
 		 178 aa  148  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2780  single-strand binding protein  53.8 
 
 		 155 aa  148  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  57.58 
 
 		 188 aa  148  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  52.71 
 
 		 130 aa  147  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  50.65 
 
 		 164 aa  147  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  60 
 
 		 233 aa  147  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  48.39 
 
 		 154 aa  147  9e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4247  single-strand binding protein  55.91 
 
 		 246 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.301307  hitchhiker  0.0000000000394233 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  50.97 
 
 		 161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  47.85 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  59.09 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  51.83 
 
 		 160 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  59.09 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  62.73 
 
 		 230 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1694  single-stranded DNA-binding protein  50 
 
 		 148 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  44.91 
 
 		 167 aa  144  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  48.52 
 
 		 167 aa  144  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>