92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4131 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 283 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  46.91 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  46.39 
 
 		 289 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  45.31 
 
 		 289 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  39.53 
 
 		 280 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  44.14 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  29.89 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  30.14 
 
 		 230 aa  67  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  30.26 
 
 		 225 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  31.29 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  25.51 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  26.87 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  25.6 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  31.67 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  31.21 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  24.79 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  30.66 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  30.77 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  26.69 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  26.91 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  45.07 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  43.48 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  26.87 
 
 		 233 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  26.84 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  24.8 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  30.83 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  42.47 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  42.47 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  34.55 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  34.88 
 
 		 193 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  25.29 
 
 		 249 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  26.98 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  45 
 
 		 216 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  45 
 
 		 216 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  30.58 
 
 		 227 aa  53.5  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  30.37 
 
 		 248 aa  53.5  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  25.99 
 
 		 243 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  25.63 
 
 		 270 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  23.79 
 
 		 225 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  38.57 
 
 		 144 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  41.67 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  27.59 
 
 		 244 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  37.5 
 
 		 222 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  25.41 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  30.36 
 
 		 230 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  29.63 
 
 		 233 aa  50.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  37.66 
 
 		 135 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  32.14 
 
 		 205 aa  49.7  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 135 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  26.17 
 
 		 224 aa  49.3  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  25.73 
 
 		 240 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  24.9 
 
 		 261 aa  49.3  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  49.3  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  29.51 
 
 		 235 aa  48.9  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  25.71 
 
 		 240 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  46.03 
 
 		 219 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  26.62 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  34.62 
 
 		 212 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  26.62 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  37.29 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  37.29 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  22.97 
 
 		 270 aa  46.2  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  25.83 
 
 		 252 aa  46.2  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  25 
 
 		 256 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  40 
 
 		 236 aa  45.8  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  30.91 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  23.13 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  31.67 
 
 		 213 aa  45.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  26.72 
 
 		 204 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4976  putative phage repressor  25.83 
 
 		 206 aa  45.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  26.75 
 
 		 216 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  25.95 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  31.58 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  31.48 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  24.62 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  27.46 
 
 		 247 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  27.97 
 
 		 229 aa  43.5  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0215  phage repressor protein, putative  28.7 
 
 		 209 aa  43.5  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0406422  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0805  conserved hypothetical protein, putative peptidase S24  25.61 
 
 		 211 aa  43.5  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  24.54 
 
 		 256 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  25 
 
 		 211 aa  43.1  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  25.87 
 
 		 289 aa  43.1  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1553  putative phage repressor  32.79 
 
 		 240 aa  42.7  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.559929  normal  0.0333856 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  32.5 
 
 		 219 aa  42.7  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1209  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 205 aa  42.4  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  26.87 
 
 		 239 aa  42  0.01  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>