92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4131 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  100 
 
 
273 aa  563  1e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  47.02 
 
 
283 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  41.95 
 
 
283 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  46.91 
 
 
289 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  5.44418e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  46.39 
 
 
289 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  8.55833e-07  hitchhiker  5.27672e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  45.31 
 
 
289 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.31906e-10  hitchhiker  7.54842e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  39.53 
 
 
280 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  44.14 
 
 
234 aa  119  4e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.67835e-09  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  29.89 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  30.14 
 
 
230 aa  67  3e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  30.26 
 
 
225 aa  62  1e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  31.29 
 
 
245 aa  62  1e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  1.60936e-08 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.28 
 
 
245 aa  61.2  2e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.34402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.28 
 
 
245 aa  61.2  2e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  25.51 
 
 
229 aa  60.5  3e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  26.87 
 
 
233 aa  60.5  3e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  31.21 
 
 
212 aa  60.1  4e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  31.67 
 
 
247 aa  59.7  4e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.02138e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  25.6 
 
 
264 aa  60.1  4e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  30.66 
 
 
216 aa  59.7  5e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  24.79 
 
 
215 aa  59.7  5e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  30.77 
 
 
240 aa  59.7  5e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  26.69 
 
 
229 aa  59.3  6e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  26.91 
 
 
263 aa  59.3  6e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  43.48 
 
 
229 aa  58.9  9e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  45.07 
 
 
131 aa  58.9  9e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  26.87 
 
 
233 aa  58.5  1e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  57.8  2e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  26.84 
 
 
233 aa  57.8  2e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  30.83 
 
 
247 aa  57  3e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  24.8 
 
 
264 aa  57.4  3e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  42.47 
 
 
135 aa  56.6  5e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  42.47 
 
 
135 aa  56.6  5e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  34.55 
 
 
214 aa  55.8  8e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  34.88 
 
 
193 aa  55.1  1e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  25.29 
 
 
249 aa  54.7  2e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  26.98 
 
 
233 aa  53.5  3e-06  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  4.08495e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  45 
 
 
216 aa  53.1  4e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  30.37 
 
 
248 aa  53.5  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  2.11881e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  45 
 
 
216 aa  53.1  4e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  30.58 
 
 
227 aa  53.5  4e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  25.99 
 
 
243 aa  53.1  5e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.46435e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  29.61 
 
 
240 aa  53.1  5e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  23.79 
 
 
225 aa  52.8  7e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  25.63 
 
 
270 aa  52.8  7e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  37.5 
 
 
222 aa  51.2  2e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  7.99679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  25.41 
 
 
292 aa  51.2  2e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  4.71179e-11 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  41.67 
 
 
216 aa  50.8  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  6.07321e-13 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  38.57 
 
 
144 aa  51.2  2e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  27.59 
 
 
244 aa  51.2  2e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  29.63 
 
 
233 aa  50.1  4e-05  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  30.36 
 
 
230 aa  50.1  4e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  37.66 
 
 
135 aa  49.7  5e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 
135 aa  49.7  5e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  32.14 
 
 
205 aa  49.7  5e-05  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  26.17 
 
 
224 aa  49.3  6e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  3.41462e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  25.73 
 
 
240 aa  49.7  6e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  24.9 
 
 
261 aa  49.3  6e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  28.57 
 
 
219 aa  49.3  8e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  29.51 
 
 
235 aa  48.9  8e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  25.71 
 
 
240 aa  48.9  9e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  26.62 
 
 
204 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  26.62 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  34.62 
 
 
212 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  46.03 
 
 
219 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  37.29 
 
 
238 aa  46.6  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  3.99055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  37.29 
 
 
238 aa  46.6  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  3.4182e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  22.97 
 
 
270 aa  46.2  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  6.04594e-05 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  25.83 
 
 
252 aa  46.2  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  25 
 
 
256 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  40 
 
 
236 aa  45.8  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.24176e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  26.75 
 
 
216 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  23.13 
 
 
246 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  30.91 
 
 
216 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  8.58644e-09 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  26.72 
 
 
204 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  31.67 
 
 
213 aa  45.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4976  putative phage repressor  25.83 
 
 
206 aa  45.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  31.48 
 
 
222 aa  44.3  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  31.58 
 
 
219 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  24.62 
 
 
237 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  25.95 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  27.97 
 
 
229 aa  43.5  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  27.46 
 
 
247 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0805  conserved hypothetical protein, putative peptidase S24  25.61 
 
 
211 aa  43.5  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0215  phage repressor protein, putative  28.7 
 
 
209 aa  43.5  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0406422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  24.54 
 
 
256 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  25 
 
 
211 aa  43.1  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1553  putative phage repressor  32.79 
 
 
240 aa  42.7  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.559929  normal  0.0333856 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  32.5 
 
 
219 aa  42.7  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  25.87 
 
 
289 aa  43.1  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1209  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
205 aa  42.4  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  26.87 
 
 
239 aa  42  0.01  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>