More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4126 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3889  phage integrase, putative  82.64 
 
 		 432 aa  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4126  phage integrase family protein  100 
 
 		 432 aa  882    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.727989  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1555  phage integrase, putative  52.11 
 
 		 423 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206278  decreased coverage  0.0000047649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4354  integrase family protein  48.86 
 
 		 445 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0248698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2610  integrase family protein  40.92 
 
 		 411 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155503 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2978  prophage LambdaSo, site-specific recombinase phage integrase family protein  40.1 
 
 		 399 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0405  phage integrase family protein  37.18 
 
 		 402 aa  250  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.629501  normal  0.976028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1655  phage integrase family protein  34.77 
 
 		 420 aa  206  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0191595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0745  phage integrase family protein  36.36 
 
 		 418 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0772  integrase family protein  36.36 
 
 		 418 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.045428  normal  0.308658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3610  phage integrase family protein  35.86 
 
 		 418 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000842919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0775  integrase family protein  36.2 
 
 		 418 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3261  phage integrase  34.58 
 
 		 417 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0304734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2555  phage integrase family protein  33.5 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3487  integrase family protein  33 
 
 		 422 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0968357  unclonable  0.00000880604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3363  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 422 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.267116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1978  integrase family protein  32.99 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000635719  normal  0.0552843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3254  phage integrase family protein  33 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1861  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 422 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00488759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1973  phage integrase family protein  32.74 
 
 		 422 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2028  integrase family protein  32.24 
 
 		 422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0404622  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3391  integrase family protein  31.99 
 
 		 422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443618 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 416 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  31.29 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  31.2 
 
 		 409 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  32.82 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  31.46 
 
 		 415 aa  101  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  31.49 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  29.97 
 
 		 416 aa  97.4  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  32.18 
 
 		 413 aa  95.9  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  30.38 
 
 		 412 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  29.81 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  30.94 
 
 		 404 aa  92  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  27.17 
 
 		 404 aa  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  30.19 
 
 		 418 aa  90.1  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  30.92 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  28.32 
 
 		 290 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  26.98 
 
 		 413 aa  87  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  29.5 
 
 		 408 aa  87  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  29.09 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 414 aa  85.1  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  29.93 
 
 		 433 aa  84.7  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  29.45 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  28.48 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  29.97 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  30.73 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.08 
 
 		 406 aa  83.6  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  29.43 
 
 		 418 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1604  phage integrase family protein  32.18 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  27.04 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  29.75 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  22.68 
 
 		 410 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  27.07 
 
 		 417 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  27.17 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  31.22 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  28.81 
 
 		 402 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  26.62 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  29.46 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.1 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.1 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  27.81 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1813  integrase family protein  30.89 
 
 		 285 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.471749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 419 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  27.78 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  29.37 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  23.68 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  25.09 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 425 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  25.77 
 
 		 395 aa  77.4  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  26.97 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  26.12 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  28.77 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  28.03 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  26.42 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  24.72 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  26.38 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  26.2 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  26.53 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  25.49 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  29.86 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.87 
 
 		 414 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  27.98 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  26.84 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  24.94 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  26.19 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.87 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2191  Phage integrase  30.04 
 
 		 418 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4522  phage integrase  27.83 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.292224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  29.71 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  26.09 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  28.39 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  28.71 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  26.26 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  26.67 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  29.05 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2749  P4 family integrase  31.74 
 
 		 439 aa  73.6  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  24.28 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>