More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4023 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  99.59 
 
 
308 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  93.83 
 
 
243 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  77.37 
 
 
243 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  70.37 
 
 
247 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  62.5 
 
 
240 aa  297  9e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  62.5 
 
 
240 aa  297  9e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  62.08 
 
 
240 aa  294  8e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  59.58 
 
 
240 aa  278  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  60.08 
 
 
241 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  59.92 
 
 
277 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0349  transcriptional regulatory protein  60.34 
 
 
277 aa  275  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0773  GntR family transcriptional regulator  55.04 
 
 
241 aa  271  9e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4833  GntR family transcriptional regulator  57.38 
 
 
246 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7148  transcriptional regulator, GntR family  46.12 
 
 
247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  50.21 
 
 
245 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
245 aa  179  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
247 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0732  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
241 aa  165  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.128467  decreased coverage  0.000000465533 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1823  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
241 aa  165  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  39.67 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  37.9 
 
 
274 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
245 aa  141  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1064  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 
245 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.296534  normal  0.0288799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 
251 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
259 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1764  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.140741  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5975  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2860  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
249 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
274 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
274 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
271 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  33.92 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3533  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2365  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 
248 aa  129  6e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
284 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.59 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1994  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0894  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.09 
 
 
280 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 
266 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
267 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
278 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  33.79 
 
 
249 aa  125  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
287 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 
270 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4360  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
266 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
376 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  34.05 
 
 
262 aa  122  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
284 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
332 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
376 aa  121  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.76 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0525  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  34.47 
 
 
269 aa  112  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.21 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0995  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.352191  normal  0.964514 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
256 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
256 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
256 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 
242 aa  104  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
248 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3817  transcriptional regulator, GntR family  31.14 
 
 
256 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0594434  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  29.49 
 
 
240 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  29.49 
 
 
240 aa  101  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.49 
 
 
240 aa  101  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.49 
 
 
240 aa  101  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6218  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
246 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000229973  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.49 
 
 
240 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.49 
 
 
240 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  33.91 
 
 
244 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>