More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4009 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 309 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 309 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  81.37 
 
 		 310 aa  519  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 336 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 550 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 485 aa  286  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 331 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 331 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 337 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  49.49 
 
 		 337 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 600 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 307 aa  279  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 313 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  44.06 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 291 aa  89.4  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 530 aa  79.7  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 282 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 506 aa  72.8  0.000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  29.2 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  26.16 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1138  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 276 aa  70.5  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283837  normal  0.0213707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  25.34 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  22.15 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 1121 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 492 aa  69.3  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 532 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 522 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  34.31 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  29.94 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  34.31 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  38.55 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  34.31 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  34.31 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  35.79 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  40.48 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32.35 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 291 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 409 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 265 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  34.16 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 548 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.35 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.79 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 414 aa  66.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.25 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  21.4 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 546 aa  66.2  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 409 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0838  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00346138 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 493 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 283 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 409 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>